Rcpp：从 Rcpp 中的包调用 C 函数答案

【问题标题】：Rcpp: Call C function from a package within RcppRcpp：从 Rcpp 中的包调用 C 函数
【发布时间】：2015-03-13 08:46:56
【问题描述】：

我想用 Rcpp 编写一个 C++ 函数，该函数使用 hypred 包中的 C 函数，该包位于 CRAN here。

我阅读了using C function from other package in Rcpp，但不明白这是否适用于我，如果适用，该怎么办。

所需的函数在源文件 /src/hypredRoutines.c 中，名为 meiosisFUNAllChr。

到目前为止，我根据这个 SO 问题 here 所做的是：

我创建了一个名为 meiosisFUNAllChr.h 的头文件，其中包含：

#ifndef MEIOSISFUNALLCHR_H
#define MEIOSISFUNALLCHR_H
void meiosisFUNallChr (...);
#endif

用它编译

gcc -c -o meiosisFUNAllChr.o meiosisFUNAllChr.c

创建了一个虚拟 c++ 函数

#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;

extern "C" {
 #include "meiosisFUNallChr.h"
}

// [[Rcpp::export]]
int timesTwo(int x) {
 return x * 2;
}

此时，使用 sourceCpp 编译不起作用。你能告诉我如何让它工作吗？

非常感谢！

编辑

用 sourceCpp 编译给了我：

meiosisFUNallChr.h: file or directory not found

【问题讨论】：

标签： r rcpp

【解决方案1】：

hypred 注册了它的两个函数，在 R 级别你可以像这样获取你想要的一个：

xp <- getDLLRegisteredRoutines( getLoadedDLLs()[["hypred"]] )[[".C"]][["meiosisFUNallChr"]]$address

我相信你可以像这样在 C++ 中访问函数指针：

DL_FUNC meiosisFUNallChr = reinterpret_cast<DL_FUNC>( R_ExternalPtrAddr(xp) ) ;

但是，如果您可以证明您确实需要直接调用 C 函数，那么您最好与包作者协商他们实现 this scheme。

【讨论】：

+1 关于注册方案——在 Rcpp 宇宙中有几个包可以做到这一点。我最简单的可能是 RApiSerialize。 @romain：getDLLRegisteredRoutine(...) 方法是否被 CRAN “祝福”（或至少可以容忍），即您用于 mlxR 的方法是什么？
不知道。我不明白为什么不这样做，我只调用允许的 R 函数 getDLLRegisteredRoutines 和 getLoadedDLLs ... mlxR 是一种完全不同的鸟
是的，完全不同的鸟——不是 R 控制下的库。从你的所作所为中有什么可以概括的吗？我们可能对 Rblpapi 有类似的问题。
我们使用的可能不适合分发。基本上没有任何代码或示例直接引用底层 c++ 库。用户应该先安装了一些软件，mlxR 在运行时从该软件编译一个 R 包，因此 CRAN 不需要知道该软件...

【解决方案2】：

简单地说：

现在警报应该响起，你真的，真的，想要创建一个包。

Rcpp 文档在许多的地方有详细说明。在 CRAN 上有 340 多个使用 Rcpp 的包，其中许多包也在执行调用 C 文件的问题。挑一两个，研究它们的结构；还可以选择由完整记录的 Rcpp 工具创建的一两个，例如 Rcpp.package.skeleton()，事情应该会变得更加清晰。

编辑： 显然，这种方式只有在其他包没有导出其功能的情况下才需要。如果您可以让其作者导出，请在 Romain 的回答中使用它。导出/使用的包对是 zoo/xts、xts/RcppXts、expm/RcppKalman（不在 CRAN 上）、RApiSerialize/RcppRedis、...

【讨论】：