计算标准误差时出错：（列表）对象不能被强制输入“double”

Question

我已经使用

计算了每个处理的观察值的平均值

Data %>% group_by(Treatment, Rep) %>% summarise(Mean = mean(Nitrogen, na.rm = TRUE)) 

我对每种治疗都有一个值。现在我想计算平均值的标准偏差和标准误差。我用过的，

Data %>% group_by(Treatment, Rep) %>% summarise_each(funs = mean, sd, se=sd(.)/sqrt(n()), na.rm = TRUE) 

但它给出了一个错误。我不确定我的错误是什么。谢谢！

Answer 1

summarise_each 被弃用，funs 被 list 取代

library(dplyr)
Data %>%
   group_by(Treatment) %>%
   summarise_at(vars(-group_cols()), list(mean = ~mean(., na.rm = TRUE), 
                       sd = ~sd(., na.rm = TRUE), 
                       se=~ sd(., na.rm = TRUE)/sqrt(n())))

如果我们不确定列类型，请检查

str(Data)

并仅将函数应用于数字列。在前面的代码中不做太多改动，将数字列的 summarise_at 替换为 summarise_if

 Data %>%
   group_by(Treatment, Rep) %>%
   summarise_if(is.numeric, list(mean = ~mean(., na.rm = TRUE), 
                       sd = ~sd(., na.rm = TRUE), 
                       se=~ sd(., na.rm = TRUE)/sqrt(n())))

如果某些列具有class factor 并且需要用于mean/sd，则首先将这些列/列转换为numeric 和as.numeric(as.character(Data[[yourcolumn]]))

可以用iris数据复现

data(iris)
iris %>% 
  group_by(Species) %>%
  summarise_at(vars(-group_cols()), list(mean = ~mean(., na.rm = TRUE), 
                        sd = ~sd(., na.rm = TRUE), 
                        se=~ sd(., na.rm = TRUE)/sqrt(n())))
# A tibble: 3 x 13
#  Species Sepal.Length_me… Sepal.Width_mean Petal.Length_me… Petal.Width_mean Sepal.Length_sd Sepal.Width_sd Petal.Length_sd
#  <fct>              <dbl>            <dbl>            <dbl>            <dbl>           <dbl>          <dbl>           <dbl>
#1 setosa              5.01             3.43             1.46            0.246           0.352          0.379           0.174
#2 versic…             5.94             2.77             4.26            1.33            0.516          0.314           0.470
#3 virgin…             6.59             2.97             5.55            2.03            0.636          0.322           0.552
# … with 5 more variables: Petal.Width_sd <dbl>, Sepal.Length_se <dbl>, Sepal.Width_se <dbl>, Petal.Length_se <dbl>,
#   Petal.Width_se <dbl>

---

在OP的帖子中，一些函数具有匿名函数，na.rm = TRUE似乎来自mean（不清楚）。