从 R 执行 Perl 脚本答案

【问题标题】：Execute a Perl script from R从 R 执行 Perl 脚本
【发布时间】：2018-01-10 17:56:30
【问题描述】：

我需要将 Perl 程序作为更大的 R 程序的一部分来执行。

R 代码生成一系列具有不同扩展名的输出文件，例如.out 或.lis。

我有一个将这些文件转换为 CSV 的 Perl 程序。

我见过在 R 上执行 Perl 参数，但没有这种复杂性。

@outfiles = glob( "*.lis" );

foreach $outfile ( @outfiles ) {

    print $outfile, "\n";

    $outfile =~ /(\S+)lis$/;
    $csvfile = $1 . "lis.csv";
    print $csvfile, "\n";

    open( OUTFILE, "$outfile" )  || die "ERROR: Unable to open $outfile\n";
    open( CSVFILE, ">$csvfile" ) || die "ERROR: Unable to open $csvfile\n";

    $lineCnt = 0;

    while ( $outline = <OUTFILE> ) {
        chomp( $outline );

        $lineCnt++;

        $outline =~ s/^\s+//;    # Remove whitespace at the beginning of the line
        if ( $lineCnt == 1 ) {
            $outline =~ s/,/\./g;    # Replace all the commas with periods in the hdr line
        }

        $outline =~ s/\s+/,/g;       # Replace remaining whitespace delimiters with a comma
        print CSVFILE "$outline\n";
    }

    close( OUTFILE );
    close( CSVFILE );
}

有什么方法可以将 Perl 代码集成到我的 R 代码中？我可以开发一个 R 程序来做同样的事情。但我不知道从哪里开始将.lis 或.out 文件转换为.csv。

【问题讨论】：

添加 shebang 行 (#!/usr/bin/perl) 并使文件可执行。然后，它就变成了从 R 启动可执行文件的问题。
那是生成 CSV 的可怕方式。使用文本::CSV_XS。（如果输入真的是一个制表符分隔的文件，你还应该使用 Text::CSV_XS 来解析输入！）
我的 cmets 与您的问题无关，所以不，我无法详细说明。如果您希望审查您的代码，可以在 StackExchange 站点上执行此操作。 codereview.stackexchange.com
“没有这么复杂的东西。” 三十行！！

标签： r perl csv

【解决方案1】：

使用 R 的系统调用来调用它：

my.seed <- as.numeric(try(system(" perl -e 'print int(rand(1000000))'", intern = TRUE))) #get random number :D

但是，我必须同意@ikegami，有更好的模块来处理 CSV 数据。

【讨论】：