从 java 调用 R 语言/脚本答案

【问题标题】：Invoke R Language/script from java从 java 调用 R 语言/脚本
【发布时间】：2012-05-29 14:29:50
【问题描述】：

我们如何从java调用R语言/R脚本？基本上我需要围绕 R 脚本的 java 类型的包装器。

数据将被提供给 java 层，比如 setData(double[]) 方法，该方法又应该发送给 R 脚本 - 让我们说 setDataR(double []) 方法。
R 脚本将执行一些计算，比如调用方法 double[] computeR()。
Java 程序将通过调用 double[] getData() 来获取计算结果，而后者又委托给 R 脚本来获取计算数据。

JRI、Rserv、Rcaller 如何执行此操作？我没有看到任何调用 Rscript 方法的方法？请寄样品。它应该类似于 JNI (java, C++) 调用。

在 jvm 中我认为多个线程不能正确调用 R 脚本调用吗？有什么解决办法吗？

谢谢

【问题讨论】：

标签： java r rserve jri rcaller

【解决方案1】：

在 Java 中使用 R 的最简单方法是使用 Runtime.exec("")，获取响应并解析它。如何运行本机指令的典型示例是：

Process p = Runtime.getRuntime().exec("ls");
BufferedReader stdInput = new BufferedReader(new InputStreamReader(p.getInputStream()));
BufferedReader stdError = new BufferedReader(new InputStreamReader(p.getErrorStream()));

从这里，您可以读取和处理打印到标准输出并缓冲到stdInput 的结果。

【讨论】：

此操作需要额外的字符串解析过程，已经由 RCaller 处理。

【解决方案2】：

RCaller 完全符合您的要求。假设您有一个定义为

的双数组'a'

double[] a = new double[] {1.0, 2.0, 3.0};

并且您想要计算平均值、中位数和标准差值。创建一个新的 RCaller 实例

RCaller caller = new RCaller();
Globals.detect_current_rscript();
caller.setRscriptExecutable(Globals.Rscript_current);

RCode code = new RCode();


code.addDoubleMatrix("a", a);
code.addRCode("s <- list(mean=mean(a), median=median(a), sd=sd(a))");

caller.setRCode(code);

caller.runAndReturnResult("s");

double mean = caller.getParser().getAsDoubleArray("mean")[0];
double median = caller.getParser().getAsDoubleArray("median")[0];
double sd = caller.getParser().getAsDoubleArray("sd")[0];

并且变量中位数保存从 R 脚本返回的值 2.0。详情请访问页面here

【讨论】：