通过 Rserve 将多维数组从 Java 分配给 R答案

【问题标题】：Assigning an multi-dimensional array from Java to R through Rserve通过 Rserve 将多维数组从 Java 分配给 R
【发布时间】：2012-10-26 14:57:17
【问题描述】：

我正在为一个项目使用 Java/R/Rserve。我面临将多维数组从 Java 传输到 R 工作区进行计算的问题。到目前为止，RConnection 对象的assign 方法只允许传递以下内容：byte[], double[], int[], REXP, String,and String[]。

我通过在 Java 中创建一个循环来回避这个问题，并单独传递变量。尽管这可行，但它看起来丑陋且效率低下。

RConnection c = new RConnection();
c.eval("x <- matrix(0,nrow=dimX[1],ncol=dimX[2])");
for (int i = 0; i < dimX[0]; i++){
  c.assign("i",Integer.toString(i+1));
  c.eval("i <- as.numeric(i)");
  for (int j = 0; j < dimX[1]; j++){
    c.assign("j",Integer.toString(j+1));
c.eval("j <- as.numeric(j)");
c.assign("tmp", Double.toString(XOBS[i][j]));
c.eval("x[i,j] <- as.numeric(tmp)");
  }             
}

http://www.rforge.net/Rserve/dist/JRclient/JavaDoc/org/rosuda/JRclient/REXP.html 上的 Rserve 文档似乎已过时，Rserve 的示例相当有限。谁能给我一个关于如何改进这段代码的建议？

谢谢

【问题讨论】：

您的数据有多大？虽然，我不确定可能的精度损失，一种方法是将您的数据逐行转储到字符串中并在 R 中使用rbind 调用eval，另一种方法是将所有Java数据转储到文件中并在 R 中执行 read.table。

标签： java r rserve

【解决方案1】：

我找到了一个解决方案，只是让它更友好一点，还附上了源链接。

评论：它是现成的实用方法。它基于 JRI，现在是 rJava 的一部分。

来源：
http://www.lbgi.fr/wikili/index.php/JRI

    /**
     * Creates and assigns a matrix object in R from 2D table of double
     *
     * @param rEngine        the  R instance used
     * @param sourceArray    the 2D table of double
     *                       the matrix must have always the same column number on every row
     * @param nameToAssignOn the R object name
     * @return R matrix instance or null if R return an error
     */
    public static REXP assignAsRMatrix(Rengine rEngine, double[][] sourceArray, String nameToAssignOn) {
        if (sourceArray.length == 0) {
            return null;
        }

        rEngine.assign(nameToAssignOn, sourceArray[0]);
        REXP resultMatrix = rEngine.eval(nameToAssignOn + " <- matrix( " + nameToAssignOn + " ,nr=1)");
        for (int i = 1; i < sourceArray.length; i++) {
            rEngine.assign("temp", sourceArray[i]);
            resultMatrix = rEngine.eval(nameToAssignOn + " <- rbind(" + nameToAssignOn + ",matrix(temp,nr=1))");
        }

        return resultMatrix;
    }

【讨论】：

【解决方案2】：

供参考（在提出问题时方法可能尚不可用）：

REXP REXP.createDoubleMatrix(double[][] arg);

【讨论】：

【解决方案3】：

如果您这样做（根据需要更改行号和行号）会怎样？

RConnection c = new RConnection();

double[][] test = { { 1.0D, 2.0D }, { 3.0D, 4.0D } };

c.assign("res", test[0]);
for (int i = 1; i < 2; i++) {
  c.assign("tmp", test[i]);
  c.eval("res<-rbind(res,tmp)");
}

REXP x = c.eval("sum(res)");
System.out.println(x.asString());

这如预期的那样返回 10，但是，这

String s = c.eval("rowSums(res)").asString();
System.out.println(s);

没有打印出它的假设，它只是返回3，也许我的Ubuntu安装的RServe坏了，无法打印结果字符串3 7中空格后的任何内容：

> rowSums(d)
c1 c2 
3  7

我也找不到好的例子:(

【讨论】：

这是一种正确的方法，但我不想遵循它，因为我担心使用rbind 时可能会产生运行时间/内存成本。这就是我一开始在 R 中分配矩阵的原因。
soory，我在评论中发布了错误的时间，所以清理了它。我简单的挂墙时间benchmark code is here，似乎 rbind 比矩阵快得多。我不知道为什么。

【解决方案4】：

你可以：

将数组扁平化为整数行向量，这样

a11 a12

a21a22

flat_array = new int[] {a11, a12, a21, a22}

将其分配给局部变量例如：

rEngine.assign(".values", flat_array);
调用 R 函数，在全局中生成矩阵（或数据帧），例如：

在 R 中：

 make.matrix <- function(nrows, ncols, values) {

        value_mat <- matrix(values, nrow=nrows, ncol=ncols, byrow=TRUE)
        temp.res <<- res
        res
    }

在 Java 中：

rEngine.eval("make.matrix(2,2,.values)");

现在你在 temp.res 中有了矩阵

【讨论】：