通过应用 for 循环保存在列表中找到的单个数据帧

Question

我必须处理多个数据帧才能执行同一组操作。因此，我将它们插入到一个列表中，并通过使用 lapply 执行某种操作。 然后，我想通过使用 for 循环将每个数据帧分别保存为 .txt 文件。这是我写的代码：

all <- lapply(names(sampleList),function(mysample){
  aux <- read.table(sampleList[[mysample]], col.names=c("Chromosome","Position","Ref_allele","Alt_allele","Fraction","Fw_ref","Rv_ref","Fw_alt","Rv_alt"))
  aux <- mutate(aux, ID=paste0(Chromosome, ":", Position)) %>% distinct(ID, .keep_all=T)
})

for( i in 1:length(all))
  write.table(all[i], paste0(all[i],"_filtered.txt"))

我希望有 n 个新数据帧，命名为原始数据帧 + _filtered 最后。但这就是实际发生的情况：

Error in file(file, ifelse(append, "a", "w")) : 
  cannot open the connection
In addition: Warning message:
In file(file, ifelse(append, "a", "w")) :
  cannot open file 'list(Chromosome = c(1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 
1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1 [... truncated]

但这不是我的数据框包含的内容。通过 View(as.data.frame(all[n])) 我看到我的数据框看起来很正常。

非常感谢您的帮助。

Answer 1

这里可以做几件事：

for( i in 1:length(all))
  write.table(all[i], paste0(all[i],"_filtered.txt"))

首先，第二个参数应该是一个字符串，但是您的 paste0(all[i],...) 正在处理框架本身（all[i] 是嵌入在长度为 1 的 list 中的 data.frame），而不是它。你可能会逃脱：

for( i in 1:length(all))
  write.table(all[i], paste0(names(all)[i], "_filtered.txt"))

但是您可以通过扩展您的词典从 lapply （它在 一个向量/数据列表上执行一个函数）来继续“在帧列表上操作”的主题（这很棒，顺便说一句） ) 包括Map 和mapply，它们将一个或多个向量/列表压缩到一个函数的各个参数中。前期：

Map(write.table, all, paste0(names(all), "_filtered.txt"))

应按您的意愿保存所有内容（并返回来自write.table 的返回值列表，这可能没有用）。

说明：Map(myfun, 1:3, c('a','b','c'), c('X','Y','Z')) 在内部展开为

myfun(1, 'a', 'X')
myfun(2, 'b', 'Y')
myfun(3, 'c', 'Z')

所以这两个几乎是等价的：

lapply(1:3, myfun)
Map(myfun, 1:3)

（它们之间存在一些非常小的性能差异。如果您知道自己始终只有一个向量，请使用lapply。）

因此，为了延续“尽可能多地矢量化”的主题（这是 R-circles 中的常见口头禅），我们在早期使用 paste0(names(all), "_filtered.txt") 生成文件名，然后将两个列表/矢量对象传递给 @987654338 @：数据列表和文件名。