R 长到宽格式的分类变量和日期

Question

我想制作一个具有长格式的数据集，其中包含一个具有宽格式开始和结束日期的分类变量（药物）。因此，每个 ID 应该有一行，并且对于每种药物，有一列具有条目 1/0 患者是否得到药物。并且药物列应该有各自的开始和结束日期作为额外的列。

我想要

test <- data.frame(
  PatID  = c(1L, 1L, 2L, 2L, 3L, 4L,4L),
  medication = c("Jak","Others", "HU", "Inf","Others", "HU","Others"),  startDate   = c("2016-12-14", "2017-02-04", "2016-03-26", "2016-06-13", "2012-27-03", "2012-04-21", "2010-02-03"),
  endDate   = c("2018-11-14", "2018-02-25", "2017-06-13", "2017-11-12", "2018-27-03", "2016-04-30", "2016-08-16")
)

输出应该如下

ID   Jak   Jak_startDate   Jak_endDate   HU   HU_startDate   HU_endDate   Inf   Inf_startDate   Inf_endDate   Others   Others_startDate   Others_endDate <br/>
1    1      2016-12-14    2018-11-14     0     NA                NA        0        NA             NA            1      2017-02-04        2018-02-25
2    0         NA               NA       1   2017-06-13   2017-11-12       1   2018-03-27   2016-04-30           0         NA               NA
3    0         NA               NA       0     NA                NA        0        NA             NA            1      2012-27-03        2018-27-03
4    0         NA               NA       1   2012-04-21   2016-04-30       0        NA             NA            1      2010-02-03        2016-08-16

Answer 1

使用tidyverse 这是我所做的：

test %>% 
gather(key, value, - PatID, -medication) %>% 
arrange(PatID, value) %>% 
mutate(new_key = paste(medication, key, sep = "_")) %>% 
select(PatID, new_key, value) %>% 
spread(new_key, value) %>% 
left_join(test %>% select(PatID, medication) %>% 
mutate(ind = 1) %>% 
spread(medication, ind))

这里，我把数据加长，然后arrange按照PatID和value。然后我创建了一个新的键列new_key 和select，只有三个变量：PatID、new_key 和value。然后我把这一切变成宽数据，但我们仍然需要列Jak、HU 等，它们似乎是指标变量。为此，在left_join 中，我使用测试数据和spread 来获取您请求的列。