【问题标题】:How to solve dependence issues and error installing qpcR package?如何解决依赖问题和安装qpcR包报错?
【发布时间】:2018-06-27 11:37:17
【问题描述】:

我无法安装 qpcR 包,在 R 中使用此命令:

install.packages("qpcR")

显然,最初一切看起来都很好:

Installing package into ‘/home/emanuel/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/qpcR_1.4-1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 4303726 bytes (4.1 MB)
==================================================
downloaded 4.1 MB

* installing *source* package ‘qpcR’ ...
** package ‘qpcR’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -fstack-      protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c registerDynamicSymbol.c -o registerDynamicSymbol.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c smth.c -o smth.o
g++ -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o qpcR.so registerDynamicSymbol.o smth.o -llapack -lblas -lgfortran -lm -lquadmath -L/usr/lib/R/lib -lR

然后事情开始出错:

usr/bin/ld: cannot find -llapack
/usr/bin/ld: cannot find -lblas
collect2: error: ld returned 1 exit status
/usr/share/R/share/make/shlib.mk:6: recipe for target 'qpcR.so' failed
make: *** [qpcR.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘qpcR’
* removing ‘/home/emanuel/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/qpcR’
Warning in install.packages :
installation of package ‘qpcR’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
‘/tmp/RtmpOPiQkB/downloaded_packages’

其他(可能)相关信息:

  • 在上述行之前,我遇到了另一个 qpcR 依赖项 rgl 包的问题,​​我解决了尝试来自另一个问题的所有建议:“Error in installing rgl package”。
  • 我对以下内容进行了简短搜索:“-llpack”、“-lblas”、“qpcR.so”。不幸的是(至少对我而言)似乎与我的具体问题无关。
  • 我使用具有以下规格的 Mint:Linux 版本 4.8.0-53-generic (buildd@lgw01-56) (gcc 版本 5.4.0 20160609 (Ubuntu 5.4.0-6ubuntu1~16.04.4)) #56~16.04 .1-Ubuntu
  • R 版本 3.4.4
  • R 工作室版本 1.1.453

提前感谢您的帮助!

【问题讨论】:

  • 类似this的东西?
  • 是的!命令行@Akarsh Jain 发布在您推荐的链接上!

标签: r installation ubuntu-16.04


【解决方案1】:

在终端中使用此命令满足依赖关系。

sudo apt-get install libblas-dev liblapack-dev

希望这会有所帮助(是)

【讨论】:

  • 解决了!谢谢@Akarsh Jain!
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