格式化和操作 R 包“hexbin”中的绘图答案

【问题标题】：Formatting and manipulating a plot from the R package "hexbin"格式化和操作 R 包“hexbin”中的绘图
【发布时间】：2013-03-19 16:23:24
【问题描述】：

我使用包hexbin生成一个绘图：

# install.packages("hexbin", dependencies=T)
library(hexbin)


set.seed(1234)
x <- rnorm(1e6)
y <- rnorm(1e6)
hbin <- hexbin(
  x   = x
  , y = y
  , xbin = 50
  , xlab = expression(alpha)
  , ylab = expression(beta)
)


## Using plot method for hexbin objects:
plot(hbin, style = "nested.lattice")

abline(h=0)

这似乎生成了一个 S4 对象 (hbin)，然后我使用 plot 绘制它。现在我想使用abline 在该图中添加一条水平线，但不幸的是这会产生错误：

plot.new 尚未被调用

我也不知道如何操作，例如轴标签的位置（alpha 和 beta 在数字内），更改图例的位置等。

我对 OOP 很熟悉，但到目前为止，我不知道 plot() 如何处理对象（它是否调用对象的某些方法？）以及如何操作结果图。

为什么我不能简单地在图上画一条线？

如何操作轴标签？

【问题讨论】：

标签： r oop plot package s4

【解决方案1】：

使用格子版本的十六进制 bin - hexbinplot()。使用panel，您可以添加线条，使用style，您可以选择不同的六边形可视化方式。查看hexbinplot 的帮助以获取更多信息。

library(hexbin)
library(lattice)
x <- rnorm(1e6)
y <- rnorm(1e6)
hexbinplot(x ~ y, aspect = 1, bins=50, 
           xlab = expression(alpha), ylab = expression(beta), 
           style = "nested.centroids",
           panel = function(...) {
             panel.hexbinplot(...)
             panel.abline(h=0)
             })

【讨论】：

如何更改轴标签的大小和沿轴显示的值？我尝试了所有变体中的cex.*，但我唯一可以更改的是图例标签的大小，...我也无法更改参数（例如par(mar=c(15,15,15,15))）
查看xyplot 的帮助和scales 的参数。例如，沿 x 轴更改值的大小可以通过将 scales = list(x = list(cex=1.5)) 添加到您的 hexbinplot 来实现。要更改轴标签，您需要将 par.settings = list(par.xlab.text=list(cex=1.5)) 添加到绘图中。我知道这不是很直观，但这就是它在 lattice 中的工作方式。让我知道是否可以解决。
我仍然不明白为什么这个工作，以及我在哪里可以找到它的帮助。为了更改xlab 的大小，我尝试了xlab = list( expression(alpha) ,cex = 2 ) 它有效，但手册中没有提示。也许我的方式是grob???我还是不明白plot、trellis、lattice、ggplot、grid、...是怎么关联的。
这是一个相当广泛和复杂的主题，base graphics、ggplot2 和lattice/trellis 是 R 中用于图形显示的三种不同系统。它们之间存在一些主要差异。你必须谷歌一下才能更好地了解它是如何工作的。

【解决方案2】：

hexbin 使用 grid 图形，而不是 base。还有一个类似的函数grid.abline，可以通过指定斜率和截距在图上画线，但是使用的坐标系比较混乱：

grid.abline(325,0)

大致得到你想要的，但这里的截距是肉眼发现的。

使用ggplot2你会有更多的运气：

library(ggplot2)
ggplot(data,aes(x=alpha,y=beta)) + geom_hex(bins=10) + geom_hline(yintercept=0.5)

【讨论】：

那么，是不是包不好？老实说，我完全不知道不同的包如何绘制不同的东西。到目前为止，我没有使用 ggplot，因为输出很难看，而且 ?ggplot 没有提供任何关于如何更改的信息，例如轴标题（hexbin 也是如此）。关于不同情节机制如何运作的良好文档？（plot() 使用 base，abline() 只能对 base 绘图进行更改，hexbin 使用 grid 尽管它在 plot() 中使用，它本身使用 base（但在这种情况下不是, 因为它使用grid), ggplot 使用???,...)
@Sven 有关文档，请参阅 docs.ggplot2.org/current 和 ggplot2.org。可以使用scale_x_continuous 和scale_y_continuous 在此处更改轴标题。 ggplot2 也使用了grid 系统，但提供了更简单的界面。

【解决方案3】：

我在使用 hexbin 库查找大量基本绘图调整（轴范围、标签等）时遇到了很多麻烦，但我想出了如何将点导出到任何其他绘图函数中：

hxb<-hexbin(x=c(-15,-15,75,75),
            y=c(-15,-15,75,75),
            xbins=12)

hxb@xcm    #gives the x co-ordinates of each hex tile
hxb@ycm    #gives the y co-ordinates of each hex tile
hxb@count  #gives the cell size for each hex tile

points(x=hxb@xcm, y=hxb@ycm, pch=hxb@count)

您可以将这三个向量输入到您通常使用的任何绘图工具中。通常会调整大小缩放等，但它比顽固的 hexplot 函数要好得多。我在 ggplot2 stat_binhex 中发现的问题是我无法将十六进制设置为不同的大小......只是不同的颜色。

如果你真的想要六边形，plotrix有一个六边形绘图功能，我认为很好。

【讨论】：