功能从 R 控制台运行，但内置到包中时失败答案

【问题标题】：Function runs from R console, but fails when built into package功能从 R 控制台运行，但内置到包中时失败
【发布时间】：2016-03-03 23:24:06
【问题描述】：

我有一个功能在直接从 R 控制台运行时可以完美运行。但是，当我构建和加载包含完全相同函数的包时，调用它时会引发错误。

#' Create divided difference matrix
#' @param x vector to process
#' @param d Dimension
#' @export
#' @return Output is divided difference matrix for use internally in regSmooth
divided.diff <- function (x, d){
  m  <- length(x)
  if (d == 0) {
    D <- Matrix::sparseMatrix(1:m,  1:m,  x  =  1,  dims  =  c(m,m))}
  else {
    dx  <-  x[(d + 1):m] - x[1:(m - d)]
    dl <- length(dx)
    V <- Matrix::sparseMatrix(1:dl,  1:dl,  x  =  1/dx,  dims  =  c(dl,dl))
    D  <-  d * V %*% diff(divided.diff(x, d - 1))}
  return (D)
}

示例：将上述函数定义剪切并粘贴到R控制台中，然后运行

divided.diff(1:5,2)

输出（如预期）是

“dgCMatrix”类的 3 x 5 稀疏矩阵

[1,] 1 -2 1 。 .
[2,] 。 1 -2 1。
[3,]。 . 1 -2 1

但如果我使用 RStudio 构建包含此功能的包，则安装并加载该包。然后运行相同的命令

divided.diff(1:5,2)

产生错误

r[i1] 中的错误：“S4”类型的对象不是子集

追溯是：

5 diff.default(divided.diff(x, d - 1))
regSmooth1.0.R#14 处的 4 diff(divided.diff(x, d - 1))
3 除数.diff(x, d - 1)
regSmooth1.0.R#14 处的 2 diff(divided.diff(x, d - 1))
1分.diff(1:5, 2)

我不知道为什么这个函数会根据它是否在一个包中而表现不同。它似乎与构建创建 S4 类对象的包有关，但除此之外我迷路了。对此行为的任何解释以及有关如何使其工作的指示都非常感激。

更新：DESCRIPTION文件（删除联系方式）如下

Package: regSmooth
Title: Data Smoothing by Regularization
Version: 1.0
Date: 2016-02-14
Author: xxx
Authors@R: person("xx", "xx", email = "zz", role = c("aut", "cre"))
Maintainer: xx  <xx@xx.edu>
Description: This package provides functions to perform smoothing by  
Tikhonov regularization. Automated optimization of the regularization
parameter can optionally be conducted by cross-validation.
Depends: R (>= 3.1.1)
Imports: Matrix
License: GPL-2
RoxygenNote: 5.0.1

NAMESPACE 文件是：

# Generated by roxygen2: do not edit by hand

export(divided.diff)
export(regSmooth)
export(regSmoothAuto)

【问题讨论】：

你的包是否在DESCRIPTION文件中声明了对Matrix包的依赖？
确实如此。我将编辑问题以添加DESCRIPTION和NAMESPACE文件内容
如果您library(Matrix); methods("diff")，您会看到为Matrix 对象定义了一个S4 diff 方法。您可能需要（以某种方式）将其导入您的包命名空间...

标签： r package s4

【解决方案1】：

感谢 Ben Bolker 的评论引导我找到答案。 Matrix 包为其类创建了 S4 版本的 diff 方法。即使导入了 Matrix 包，我们也需要明确指示函数使用 S4 版本的 diff，而不是通用版本。

添加

#' @importMethodsFrom Matrix diff

到函数序言，然后运行 Roxygen2 在 NAMESPACE 中生成以下行。

importMethodsFrom(Matrix,diff)

这解决了问题。

【讨论】：