R 包安装在 2 个不同的位置

Question

我在 2 个位置安装了 R 包 ape，它们都是 .libPath() 的一部分
- ape 3.3 版在 location1
- ape location2 中的 3.4 版

在ape 3.4 版本中，有一个新功能clustalomega。我没有加载 2 个包中的任何一个（使用 library）

ape::clustalomega 在我的机器上不起作用。我怀疑这是因为 R 首先考虑的是它在 location1 中找到的旧版本的ape。

我尝试用.libPath(rev(.libPath()) 颠倒libPath 的顺序，但它没有改变任何东西。

有没有办法确保我们从位置 2 优先获取包（我无法控制位置 1 上安装的内容）

Answer 1

解决方案在于函数unloadNamespace。似乎当R启动时，即使它没有加载library("ape")，它仍然加载包的命名空间，从它可以找到的第一个lib.loc（在本例中为location1）

所以为了强制从另一个位置加载命名空间，我们需要这样做：

ape::clustalomega # 不存在
'ape' %in% loadedNamespaces() #returns TRUE
unloadNamespace(ns = 'ape') 'ape' %in% loadedNamespaces() #returns FALSE loadNamespace(package = 'ape', lib.loc = location2)

ape::clustalomega # 现在可以使用了