调度属于 R 包的函数答案

【问题标题】：Schedule a function that belongs to an R package调度属于 R 包的函数
【发布时间】：2017-05-23 22:26:17
【问题描述】：

我正在尝试构建一个 R 包，其目标是通过获取输入数据并将输出数据写入外部数据库 (PostgreSQL) 来运行一系列分析。

具体来说，我需要安排一组每天运行的操作。因此，我用 R 代码编写了一些 bash 脚本（使用标头 #!/usr/bin/env Rscript）并将它们保存到 R 包的 exec/ 文件夹中。这些脚本多次调用 R/ 文件夹中的包的核心函数。

此时，一旦在 linux 服务器上安装了包，我该如何设置一个能够直接访问 exec/ 文件夹中的脚本的 crontab？

这种处理方式是否正确，或者对于此类操作是否有不同的最佳实践？

【问题讨论】：

【解决方案1】：

我们在工作的所有时间都这样做。在家里，我也有几个经常性的 cronjobs，例如 CRANberries。您引用的 exec/ 文件夹有效，但我首选的解决方案是使用 inst/scripts/someScript.R。

然后在第一次你需要从你的包库创建一个软链接，比如/usr/local/lib/R/site-library/myPackage/scripts/someScript.R 到$PATH 中的一个目录，比如/usr/local/bin。

关键方面是即使您更新软件包，软链接仍然存在。所以现在你是金子了。您现在只需要引用someScript.R 的crontab 条目。我们混合使用Rscript 和littler 脚本。

【讨论】：

非常感谢德克！事实上，这是一项持续的活动，所以我想知道是否有比我更有经验的人设计了处理它的最佳方法。再问你一个问题：安装包后，脚本将能够看到inst/ 文件夹中的其他对象，并像R/ 文件夹中的代码一样访问它们，例如system.file('foo/hello.txt', package = 'my_package')?
是的，完全正确。这里有大量示例，在手册中，在其他包中。