为什么构建 R 包会阻止我的代码工作？答案

【问题标题】：Why does building an R package stop my code from working?为什么构建 R 包会阻止我的代码工作？
【发布时间】：2015-05-07 20:37:13
【问题描述】：

安装我的自定义 R 包代码后，它会停止工作吗？为什么？

详细来说，我有一个很小的 R 包goEnrichment（点击查看 Github 存储库）。 R 包只包含两个函数和一些二进制数据。在使用R CMD INSTALL goEnrichment 安装 R 包后，我还运行了两个测试 R 脚本。一个测试脚本失败，而另一个运行。

这两个脚本之间的唯一区别是，在工作版本中，我 require 是必要的库，source 是手动的函数文件，而在另一个失败的脚本中，我是 require 我的 goEnrichment 库。请注意，这两个脚本都是直接从它们的目录goEnrichment/exec 启动的。

使用cd goEnrichment/exec && Rscript testGoEnrichment_works.R 开始工作测试。摘录：

# This is the WORKING version
require(GOstats)
require(GSEABase) 
require(RMySQL)
source( "../R/goEnrichment.R" )

使用cd goEnrichment/exec && Rscript testGoEnrichment_fail.R 启动失败测试脚本。摘录：

# This version FAILS
require(goEnrichment)

我得到的错误对我来说有些无意义： 'dimnames' applied to non-array.

built R 包在两个平台上失败，即在 Debian Wheezy 64 和 R 3.0.2 和在 Mac OS X Yosemite 和 R 3.1.1。

我真的不知道为什么会这样。我使用Vim 检查了文件格式和意外字符。原因似乎也不是DESCRIPTION 文件，因为goEnrichment 所依赖的所有库都已导入。

有没有人知道是什么导致了这个非常奇怪的错误？非常感谢您的帮助。

【问题讨论】：

您的 NAMESPACE 文件中没有导入的任何函数。这可能是原因。您正在使用 roxygen2，因此在您的函数中使用 packageName::function 应该在您记录/构建时将它们添加到 NAMESPACE。
感谢泰勒的努力。不幸的是，这并没有成功，我改用packageName::function 在我的函数中，但仍然得到错误。顺便说一句，在R CMD INSTALL goEnrichment 之后，NAMESPACE 文件仍然没有改变。 - 有什么想法吗？
您是否将更改推送到 GitHub？您是否重新运行 document 或者您曾经使用什么将 roxygen 输出转换为正确的文档？
亲爱的 Tyler，对不起，我忘记推送到 Github。我现在已经做到了。我确实重新运行了roxygen2::roxygenise()，它没有触及NAMESPACE 文件。
同时我发现，必须删除 NAMESPACE 文件才能让 Roxygen2 生成它。我这样做并添加了适当的import 和export 字段。不幸的是，错误仍然存在。我把所有东西都推送到了 Github。你还有什么想法吗？

【解决方案1】：

经过多次测试，我找到了问题的根源。

由于某种原因需要我的包时

require(goEnrichment)

通用函数

summary.GOHyperGResult

未加载，因为它应该加载。但是，当手动需要 goEnrichment 依赖的包时，该方法可用。至于为什么会这样，我没有时间去调查。我相信这里报告的错误与这个bug有关。

非常感谢 Tyler 的努力！

【讨论】：