为什么 paleoTS 功能不起作用？答案

【问题标题】：Why is a paleoTS function not working?为什么 paleoTS 功能不起作用？
【发布时间】：2011-06-30 18:32:40
【问题描述】：

我已经在 R (2.13.0) 中加载了paleoTS，并尝试使用fit3models.joint 函数，但不能。我尝试重新安装，但它向我保证paleoTS 已经存在！帮助表示赞赏：

Error: could not find function "fit3models.joint"
> utils:::menuInstallPkgs()
Warning: package 'paleoTS' is in use and will not be installed

【问题讨论】：

标签： function r package

【解决方案1】：

还没有足够的信息。我没有看到任何证据表明fit3models.joint 是paleoTS 包中的一个函数：您的意思是fit3models ...？或fit3models(...,method='Joint')（基于查看?fit3models 中的示例？

install.packages("paleoTS")
library("paleoTS")
ls(pos=2)
 [1] "add.OU.curves"         "akaike.wts"            "as.paleoTS"           
 [4] "as.paleoTSfit"         "cat.paleoTS"           "compareModels"        
 [7] "fit3models"            "fitGpunc"              "fit.sgs"              
[10] "IC"                    "ln.paleoTS"            "logL.covTrack"        
[13] "logL.GRW"              "logL.joint.GRW"        "logL.joint.OU"        
[16] "logL.joint.punc"       "logL.joint.punc.omega" "logL.joint.Stasis"    
[19] "logL.joint.URW"        "logL.Mult"             "logL.Mult.covTrack"   
[22] "logL.punc"             "logL.punc.omega"       "logL.SameMs"          
[25] "logL.SameVs"           "logL.sgs"              "logL.sgs.omega"       
[28] "logL.Stasis"           "logL.URW"              "LRI"                  
[31] "lynchD"                "mle.GRW"               "mle.Stasis"           
[34] "mle.URW"               "opt.covTrack"          "opt.covTrack.Mult"    
[37] "opt.GRW"               "opt.GRW.shift"         "opt.joint.GRW"        
[40] "opt.joint.OU"          "opt.joint.punc"        "opt.joint.Stasis"     
[43] "opt.joint.URW"         "opt.punc"              "opt.RW.Mult"          
[46] "opt.RW.SameMs"         "opt.RW.SameVs"         "opt.sgs"              
[49] "opt.Stasis"            "opt.URW"               "ou.M"                 
[52] "ou.V"                  "plot.paleoTS"          "pool.var"             
[55] "read.paleoTS"          "shift2gg"              "shifts"               
[58] "sim.covTrack"          "sim.GRW"               "sim.GRW.shift"        
[61] "sim.OU"                "sim.punc"              "sim.sgs"              
[64] "sim.Stasis"            "split4punc"            "std.paleoTS"          
[67] "sub.paleoTS"           "test.var.het"

【讨论】：

感谢您的回复。好吧，它可以在带有 R 2.8.0 的 Mac 上运行，所以我猜是这样。 Hunt 和 Carrano (2010) 在第 253 页上说：“可以使用paleoTS 包中的适当函数拟合和比较这三个模型：fit3models.joint(cantiusL) fit3models.joint(cantiusLW)。这两个函数调用的输出是总结在表 2 中。对于 m1 长度，定向进化比随机游走模型更值得模型支持（更高的对数似然，更低的 AICC）。"
最近两年包可能变了（2.8.0是2.5年，2010年发表的一篇论文大概是2009年准备的）。阅读?fit3models 会给你任何线索吗？我强烈怀疑fit3models(cantiusL,method="Joint") 将等同于上面指定的第一个命令...
干杯。太好了——看来确实是一样的。但是它不做的是打印模型参数。在帮助页面127.0.0.1:25160/library/paleoTS/html/fit3models.html 上它说“如果silent=TRUE，则返回一个列表，其中包含具有相同数据框的元素'modelFits'，加上一个元素'parameters'，其中包含所有参数估计的子元素。”，但是silent = TRUE 反而似乎停止了所有输出（你对“沉默”的期望！）。
它在那里，只是看起来不像（函数中的返回值周围有一个invisible() 命令。如果您执行myfit <- fit3models(mydata,method="Joint",silent=TRUE) 然后打印myfit（或提取来自它的组件；myfit$modelFits 或 myfit$parameters) 你应该得到你想要的。
你好。在 Hunt 和 Carrano 中描述的 fitContinuous 函数也有同样的问题——它现在似乎不存在了。我想作者是要联系的人，但是关于如何在最新版本中做同样的事情有什么想法吗？