R bnlearn Grow-Shrink 结构学习答案

【问题标题】：R bnlearn Grow-Shrink structure learningR bnlearn Grow-Shrink 结构学习
【发布时间】：2016-10-10 22:59:02
【问题描述】：

Nagarajan 等人。书（R 中的贝叶斯网络，O'Reilly 2013 年，第 35 页）说，当我使用 R bnlearn 包的标记数据集并要求通过编写使用增长-收缩实现来学习结构时

library(bnlearn)
data(marks)
bn.gs = gs(marks)

当我申请时

bn.gs = gs(marks)

bn.gs 甚至 bn.hc，上面写着：

"矩阵中的错误(c(x$d, x$pi, x$sigma, x$rho), ncol = 1) : 'data' 必须是向量类型，为 'NULL'"

我的数据类型好像有问题，和book一模一样。我能做什么？

【问题讨论】：

我无法重现这个。您能否将sessionInfo() 的结果添加到您的问题中。在新的 R 会话中问题是否仍然存在？
我无法重现这个（3.3.1，Win7）。您确定这三行是您在新会话开始时使用的行，并且在运行最后一行后出现错误吗？
@user20650 > sessionInfo() R 版本 3.3.1 (2016-06-21) 平台：x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) 运行条件：Windows 7 x64 (build 7601)服务包 1
@JonathanCarroll，是的，我完全使用：rm(list=ls(all=TRUE)) >library(bnlearn) > data(marks) >bn.gs = gs(marks) >print(bn .gs) & 我也添加了 sessionInfo()
@GulfChanter 哪一行导致了错误？

标签： r bayesian-networks

【解决方案1】：

我无法重现这一点，但我希望我们能弄清楚发生了什么，因为您似乎与我处于相同的设置中。我将此作为答案发布，以便显示代码，但一旦我们到达那里，我会将其修改为答案。

请尝试：

devtools::install_github("jennybc/reprex")
library(reprex)

将此代码复制到剪贴板（例如 CTRL+C）

library(bnlearn)
data(marks)
bn.gs = gs(marks)
bn.gs

然后输入

reprex(venue = "so")

并粘贴输出。如果它有效，你应该得到类似下面的东西（如果它不是可重现的错误，应该会失败）

library(bnlearn)
data(marks)
bn.gs = gs(marks)
bn.gs
#> 
#>   Bayesian network learned via Constraint-based methods
#> 
#>   model:
#>     [undirected graph]
#>   nodes:                                 5 
#>   arcs:                                  6 
#>     undirected arcs:                     6 
#>     directed arcs:                       0 
#>   average markov blanket size:           2.40 
#>   average neighbourhood size:            2.40 
#>   average branching factor:              0.00 
#> 
#>   learning algorithm:                    Grow-Shrink 
#>   conditional independence test:         Pearson's Correlation 
#>   alpha threshold:                       0.05 
#>   tests used in the learning procedure:  44 
#>   optimized:                             TRUE

【讨论】：