使用 R 或 Excel 重叠图形

Question

我有以下矩阵，我想使用 R（首选）或 Excel 绘制重叠图。

    a       b       c
a   1       0.5     0.7
b   0.5     1       0.4
c   0.7     0.4     1

例如，上表显示a 和b 有50% 的重叠，而a 和c 有70%。

Answer 1

如果你想重叠，那么你错过了一个数字 - 重叠所有三个：a、b、c。

正如 Aniko 在评论中所写，您可以使用维恩图，例如Vennerable from R-forge.

安装需要一些来自 BioConductor 的软件包：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite(c("graph", "RBGL", "gtools", "xtable"))
install.packages("Vennerable", repos="http://R-Forge.R-project.org")

您可以正确准备数据：

require(Vennerable)
x <- Venn(
    SetNames = c("a", "b", "c"),
    Weight = c(`100`=1,   `010`=1,   `001`=1,
               `110`=0.5, `101`=0.7, `011`=0.4,
               `111`=.5) # I made this up cause your question miss it
)

然后瞧：

plot(x, doWeights=TRUE)

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一些额外的解释。

Vennerable 包的数据结构需要提供集合名称（在您的情况下为"a"、"b"、"c"）和每个相交的频率/比例。这个 0/1 名称标识子集：1 表示“在集合中”，0 表示“不在集合中”。例如：

• 100 表示在a 中，不在b 中，不在c 中，
• 011 表示不在a，在b，在c

所以111 表示在所有三个集合中，这在您的矩阵中缺失并且无法添加到那里。对于您的样本数据，当 a&b 有 0.7 重叠并且 b&c 有 0.4 时，意味着至少 0.1 同时在三个集合中（或者我错过了对这个数字的解释）。 （注意：我认为我高估了这个 0.5，因为它应该低于 0.4）

您可以在创建矩阵之前将数据准备到维恩图，例如：

X <- list(
    a = c("One", "Two", "Three"),
    b = c("One", "Three", "Four", "Five", "Seven"),
    c = c("Three", "Five", "Eight", "Nine", "Ten")
)

x <- Venn(X)
x
# A Venn object on 3 sets named
# a,b,c 
# 000 100 010 110 001 101 011 111 
#   0   1   2   1   3   0   1   1 
plot(x, doWeights=TRUE)