小网络在大网络上的叠加答案

【问题标题】：Super position of small network over big network小网络在大网络上的叠加
【发布时间】：2015-11-18 11:49:47
【问题描述】：

我正在研究 PPI 网络，我正在使用 Gephi 和 rgexf 包进行网络图。在我的网络中有 9453 没有。顶点和 36888 个连接。因此，当在 gephi 上绘制网络时，我们无法分析任何内容，所以我只绘制前 50 个节点的网络。现在我想强调前 100 个节点网络中的 50 个节点的网络。这里的顶部是指度数最高的节点。那么有什么办法可以做到吗？

这是前 50 个节点的图，有一个节点未连接到 top50 中的任何节点：

我这几天都在苦苦挣扎。

【问题讨论】：

标签： r gephi

【解决方案1】：

更新 - 我更新了描述

好的，所以这不是完全微不足道的，但也不是直截了当的。我已经创建了一个包含 500 个节点的随机网络来向您展示一个示例。

使用 Gephi 加载网络后，您至少需要运行统计数据中的平均度。
然后转到 Filters 部分，选择 Attributes>Range>In-degree，双击并按下 Filter 按钮（ 注意：在您的情况下，您应该只看到 Degree，但其余部分仍然适用）
将滑块向右移动，使 上下文 面板中剩余节点的数量达到 ~50

这就是我的样子

着色：

按住过滤器按钮的同时，您可以对过滤后的节点应用不同的颜色。在我的例子中，我进入 Ranking>Nodes 选择了 InDegree 并应用了绿色。请注意，您也可以选择 Degree 以获得您想要的效果。相应的面板如下所示：

这只会为过滤的节点着色。或者，您可以应用节点画笔，但它会变得有点沉闷:)。还有第三个选项，但我把它留作练习:)。

最终的图表对我来说是这样的。

您可以通过编程方式在igraph 中执行类似的操作。您可以选择具有前 50 个入度的节点，为它们分配颜色，为其余所有节点分配不同的颜色并导出到 GraphML。

希望对你有所帮助。

【讨论】：

谢谢，我的网络是无向的，正如您在示例中显示的那样，在过滤器> 库> 属性> 范围> 度中。就我而言，在该范围内没有这样的选择。有 SIM、WGH 和重量等选项。以及如何将颜色应用于该节点？感谢您的帮助。
@Maulik 您是否运行了上述步骤 1？ Gephi 需要自己计算度数，然后才能将其显示在过滤器或排名操作中。完成此操作后，您将在 范围过滤器 下看到一个 Degree 过滤器。同样在过滤器图像的正下方，我给出了如何为节点着色的说明。您还可以通过单击图表显示左侧的小颜色桶图标，将它们一一着色。悬停图标找到是哪一个，我会尝试更新帖子

【解决方案2】：

您可以将网络导入 gephi ASIS 并计算度数中心性，这将生成一个变量，其中包含图中每个顶点的度数。之后，您可以使用过滤器工具（如本演示文稿中所示http://www.clementlevallois.net/gephi/tuto/en/gephi_advanced%20functions_en.pdf）使用度数变量来限制要使用的顶点数。这是最简单的方法。

或者，您可以使用igraph 或sna 包计算每个节点的度数，并在write.gexf 函数中包含诸如网络的属性。

【讨论】：

感谢 gvegayon，gephi ASIS 与 gephi-0.8.2 beta 不同？如何计算gephi中的度数中心性？通过使用过滤器工具是否可以仅突出显示整个网络中的顶级节点？我不想隐藏其他节点，我只想给它们颜色透明度。
抱歉，我的回复不清楚，我对 gephi ASIS（原样）的意思是使用您已经拥有的 gexf 并按照 Yannis P. 所说的去做。