如何使这个 R 包的输出静音？答案

【问题标题】：How to silence the output from this R package?如何使这个 R 包的输出静音？
【发布时间】：2011-05-30 14:38:47
【问题描述】：

我正在使用 R 中的 LowRankQP() 包，即使设置 verbose=FALSE 仍然会产生很多输出（参见下面的示例）。

输出来自代码的编译部分。有没有一种方法（包装函数？）在 R 中调用 LowRankQP() 绝对无声（即不在屏幕上打印任何内容）而不修改底层编译代码（两个电子邮件地址与此包关联的仍然有效）？

library(LowRankQP)

Vmat <- matrix(0,6,6)
diag(Vmat) <- c(1, 1,1,0,0,0)
dvec <- c(0,-5,0,0,0,0)
Amat <- matrix(c(-4,-3,0,-1,0,0,2,1,0,0,-1,0,0,-2,1,0,0,-1),6,3)
bvec <- c(-8,2,0)
uvec <- c(100,100,100,100,100,100)

aa<-LowRankQP(Vmat,dvec,t(Amat),bvec,uvec,method="CHOL")

# LowRankQP CONVERGED IN 15 ITERATIONS
# 
#     Primal Feasibility    =   2.5719308e-16
#     Dual Feasibility      =   7.1949984e-16
#     Complementarity Value =   3.3066705e-11
#     Duality Gap           =   3.3065273e-11
#     Termination Condition =   9.7802929e-12

这是以“LowRankQP CONVERGED IN 15 ITERATIONS”开头的部分，我想去掉。

Ubuntu 11.04、R 版本 2.12.1 和 LowRankQP() 1.0.1。

【问题讨论】：

请添加一个可重现的示例。从我做的几次测试中我没有遇到任何问题。
无法在 Windows 上重现，我没有得到任何输出。请 1) 更新到最新版本，以及 2) 如果仍然存在，请通知包的开发人员。这闻起来像是 linux 和 Windows 版本之间的一些错误/不一致。
感谢 J.M.（我已经运行了 R/软件包的最新版本，所以我会邮寄给开发人员）。
显然这个包已经不再主动维护了（maintainer后面的地址已经死了）。

标签： r

【解决方案1】：

sink(file=NULL) 不起作用，因为它关闭最后一个接收器，仅此而已。

sink(file=NULL) 警告信息： In sink(file = NULL) : no sink to remove

虽然有效的是：

f = file()
sink(file=f) ## silence upcoming output using anonymous file connection
... your code here ...
sink() ## undo silencing
close(f)

使用匿名文件的优点是与平台无关，即您不必想出一个临时文件名。

例子：

f = file()
sink(file=f)
example(glm)
sink()
close(f)

我已经成功地将 sink() 用于其他功能（例如 normalmixEM2comp {mixtools}）。

（编辑：这篇文章的第一个版本没有使用显式的文件句柄，因此如果你经常调用上面的 sn-p，它会给出一个警告——甚至是一个错误）。现在可以使用 close(f) 修复此问题。

【讨论】：

【解决方案2】：

你熟悉R函数sink()吗？从它的帮助页面：

sink                   package:base                    R Documentation

Send R Output to a File

Description:

     ‘sink’ diverts R output to a connection.

     ‘sink.number()’ reports how many diversions are in use.

     ‘sink.number(type = "message")’ reports the number of the
     connection currently being used for error messages.

Usage:

     sink(file = NULL, append = FALSE, type = c("output", "message"),
          split = FALSE)

     sink.number(type = c("output", "message"))

Arguments:

    file: a writable connection or a character string naming the file
          to write to, or ‘NULL’ to stop sink-ing.

file=NULL 参数是您可能想要的。

【讨论】：

感谢 D.E.您是否知道有什么方法可以避免这些打印输出也溅到终端窗口 - 这很烦人？
sink(file=NULL) 这样做：all 输出变为 NULL。
感谢 D.E.：那么我无法使用它：在上面的代码中，我应该在哪里使用 sink(file=NULL) 以便消息不会打印在屏幕上？
在调用生成输出的命令之前，您的目标是抑制。您是否阅读了sink() 的帮助页面？
有点讽刺的是，当 a) 没有人在这里用他们的首字母签名和 b) 你自己躲在匿名句柄后面时，你坚持用他们的名字首字母称呼每个人。

【解决方案3】：

好的，我可以通过注释掉 LowRankQP.c 的第 413->418 行并从 .tar.gz 重新安装它（或者添加一个新选项 verbose==2）来做到这一点。

【讨论】：

【解决方案4】：

根据 cbielow 的回答，这里有一个小函数可以使 cat() 和 print()（但不是 message() 或 warning()）静音并返回表达式返回的任何内容：

shut_up = function(expr) {
  #temp file
  f = file()

  #write output to that file
  sink(file = f)

  #evaluate expr in original environment
  y = eval(expr, envir = parent.frame())

  #close sink
  sink()

  #get rid of file
  close(f)

  y
}

测试：

> shut_up(print(1))
[1] 1
> shut_up(cat(1))
NULL
> shut_up(message(1))
1
NULL
> shut_up(warning(1))
[1] "1"
Warning message:
In eval(expr, envir = parent.frame()) : 1

请注意，print() 和 warning() 会返回输出，因为这些函数会静默返回其输入，而 cat() 和 message() 会返回 NULL。

【讨论】：

【解决方案5】：

我不知道它是否会起作用，但你可以试试invisible()。我不知道你正在使用的功能，我不知道隐形是否可以使cat()静音。但你可以试一试。

【讨论】：

All invisible 真正的作用是阻止其内容的返回值被打印出来，所以这无济于事。