如何获取 MA 图的基础数据？

Question

我想使用limma的plotMA函数。

文档示例运行良好：

A <- runif(1000,4,16)
y <- A + matrix(rnorm(1000*3,sd=0.2),1000,3)
status <- rep(c(0,-1,1),c(950,40,10))
y[,1] <- y[,1] + status
plotMA(y, array=1, status=status, values=c(-1,1), hl.col=c("blue","red"))

现在我想访问用于绘图的基础数据，因为我想在不同的上下文中使用数据，而不仅仅是绘图。我目前看不到访问数据的方法；当然我可以自己实现方法，只使用数据，但感觉不对。

有没有办法访问用于 MA 图的基础数据？

Answer 1

查看plotMA 的代码，我们看到创建了几个变量并用于绘图。然而，这些变量不会被返回。

您现在可以复制并粘贴该函数来编写您自己的函数，该函数绘制并返回数据。但是，这很容易出错，如果有新版本的函数，您可能会依赖旧代码。

因此，您可以改为使用trace 将任意代码插入plotMA，尤其是一些将数据存储在全局环境中的代码。我用一个玩具例子来说明这个想法：

f <- function(x) {
   y <- x + rnorm(length(x))
   plot(x, y)
   invisible()
}

如果我们想在这个函数中使用y，我们可以这样做

trace(f, exit = quote(my_y <<- y))
# [1] "f"
ls()
# [1] "f"
f(1:10)
# Tracing f(1:10) on exit 
ls()
# [1] "f"    "my_y"

现在我们可以访问my_y。

你应该做什么：

1. 看plotMA的代码
2. 确定您需要哪一部分数据（例如x、y 和sel）
3. 使用trace(plotMA, exit = quote({my_data <<- list(x, y, sel)}), where = asNamespace("limma"))
4. 运行plotMA
5. 通过my_data访问数据

注意。查看?trace 以充分了解它的可能性。特别是，如果您不想在末尾 (exit) 而是在另一个位置注入代码（可能是因为中间变量被覆盖并且您需要第一个结果），您需要使用的 at 参数trace

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更新

也许最简单的方法是获取函数中定义的所有局部变量的完整转储：

trace("plotMA", exit = quote(var_dump <<- mget(ls())), where = asNamespace("limma"))