在 Linux CentOS 7 上安装 R oligo 和 RCurl 包失败答案

【问题标题】：Failing to install R oligo and RCurl packages on Linux CentOS 7在 Linux CentOS 7 上安装 R oligo 和 RCurl 包失败
【发布时间】：2019-02-28 18:11:33
【问题描述】：

我正在尝试在装有 Linux CentOS 7 的笔记本电脑上安装 Bioconductor oligo R 软件包。它无法通过常见的 Bioconductor 安装命令安装，因为它说 RCurl 是为另一个 Rversion 安装的，需要重新安装。

我尝试通过命令安装它：install.packages("RCurl") 但不幸的是它没有工作。

这是日志：

Error: package or namespace load failed for ‘RCurl’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
 unable to load shared object '/home/davide/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.5/RCurl/libs/RCurl.so':
  libiconv.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory
Error: loading failed

Execution halted ERROR: loading failed
* removing ‘/home/davide/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.5/RCurl’

The downloaded source packages are in   ‘/tmp/RtmpAcmmPE/downloaded_packages’ Warning message: In install.packages("RCurl") :   installation of package ‘RCurl’ had non-zero exit status

知道如何让它发挥作用吗？

【问题讨论】：

似乎缺少 libiconv。这可能是libcurl-devel 包的一部分，可以使用sudo yum install libcurl-devel从终端安装
谢谢@bob。我试图重新安装它，但它说Package libcurl-devel-7.29.0-51.el7.x86_64 already installed and latest version
您可能想查看生物导体问题页面中的this 旧线程。
如果你用谷歌搜索这个问题——使用“error package namespace failed RCurl”和“cannot open shared library”，有很多链接可能会有所帮助。

标签： r linux rcurl bioconductor

【解决方案1】：

通过安装 miniconda 并使用其 R 版本，我能够在 R 中安装 RCurl 和 oligo 包。

这就是我所做的：

我从他们的website（我的案例是64-bit (bash installer))
我使文件可执行，然后执行它。在 shell 终端上，我跑了：
chmod 777 ./Downloads/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

./Downloads/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
我对 miniconda 提示我的所有问题的回答都是肯定的。
安装 miniconda 后，我运行 R：R
然后我重新安装了 RCurl：install.packages("RCurl");
然后我安装了oligo：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))

install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("oligo", version = "3.8")

这样对我来说一切都很好。我希望它可以帮助其他人！

【讨论】：