如何使用 nvim-r 和 rstan 防止使用 knitr 打开 /tmp 文件答案

【问题标题】：How to prevent opening /tmp files with knitr using nvim-r and rstan如何使用 nvim-r 和 rstan 防止使用 knitr 打开 /tmp 文件
【发布时间】：2019-01-24 23:10:16
【问题描述】：

我在 neovim 中使用 R 和 nvim-r 使用 \kh 或 \kp 命令来编织 Rmd 文档。问题是当我编织一个适合 Rstan 模型的 Rmd 时，它会在此位置的一个单独的临时文件中打印 Rstan sampling() 调用的输出，包括链的进度：

file:///tmp/RtmpMmXreV/file27067eb3452f_StanProgress.html

包含此输出：

点击刷新按钮查看链的进度在 14:31:54.447 在 localhost:11515 上启动 worker pid=17045 在 14:31:54.670 在 localhost:11515 上启动 worker pid=17070

它会在我的浏览器中打开该 html 文件。结果是每次新模型开始采样时，我的浏览器都会不断打开。这只发生在我使用options(mc.cores = parallel::detectCores()) 并行化链时。没有该命令，html 文件不会弹出。

是否可以阻止 nvim-r 打开这些临时 html 文件，或者是否可以使来自 Rstan 的链输出静音？

小例子：

library(rstan)

options(mc.cores = parallel::detectCores())

data(DNase)

model <- stan_model(model_code = "
data {
    int n;
    vector[n] conc;
    vector[n] density;
}
parameters {
    real b0;
    real b1;
    real<lower=0> sigma;
}
model {
    conc ~ normal(b0 + b1 * (density), sigma);
    b0 ~ normal(0, 10);
    b1 ~ normal(0, 10);
    sigma ~ normal(0, 10);
}")

fit <- sampling(model, data = list(n = nrow(DNase),
                       conc = DNase$conc, 
                       density = DNase$density))

编辑：我尝试将results="hide" 添加到块头，并将refresh = 0 添加到基于this answer 的sampling() 调用，但无济于事。 refresh = 0 确实成功删除了消息的 starting worker... 部分，但它仍会打开一个显示 Click the Refresh button to see progress of the chains 的 html 文件。

【问题讨论】：

标签： r knitr neovim rstan

【解决方案1】：

将 open_progress = FALSE 添加到 sampling() 可防止 stan 将链的进度保存到日志文件中。默认open_progress = TRUE仅在cores > 1时生效。来自rstan reference。示例：

sampling(model, open_progress = FALSE)

【讨论】：