与 Stan 一起使用时未定义的 Rcpp 函数

Question

我有一个将 Rcpp 用于某些内部功能的 R 包。这些函数不会导出供用户直接访问（请参阅rcpptest 存储库中的最小可重现示例）。

我现在尝试将 Stan 代码添加到 src/ 目录，以便在安装包时进行编译（rcppstan 存储库中的可重现示例）。但是，当我修改包以使用 Stan 时，我在 R CMD CHECK 中收到以下错误：

#> ❯ checking R code for possible problems ... NOTE
#>   meanC: no visible binding for global variable ‘_rcppstan_meanC’
#>   Undefined global functions or variables:
#>     _rcppstan_meanC

事实上，当我尝试调用使用 meanC 函数的 R 函数时，我收到一条错误消息 Error in meanC(x) : object '_rcppstan_meanC' not found。

据我所知，当我修改包以使用 rstan 时发生了什么变化，因此可能是原因。

1. 仅使用Rcpp时，src/RcppExports.cpp中如下：

   static const R_CallMethodDef CallEntries[] = {
       {"_rcpptest_timesTwo", (DL_FUNC) &_rcpptest_timesTwo, 1},
       {NULL, NULL, 0}
   };
   
   RcppExport void R_init_rcpptest(DllInfo *dll) {
       R_registerRoutines(dll, NULL, CallEntries, NULL, NULL);
       R_useDynamicSymbols(dll, FALSE);
   }
   

2. 当 Stan 被合并时，src/RcppExports.cpp 文件中不再生成该代码。相反，这似乎是由 rstantools 包创建的 src/init.cpp 文件处理的。该文件中的相关块在这里：

   static const R_CallMethodDef CallEntries[] = {
     {NULL, NULL, 0}
   };
   
   void attribute_visible R_init_rcppstan(DllInfo *dll) {
     // next line is necessary to avoid a NOTE from R CMD check
     R_registerRoutines(dll, NULL, CallEntries, NULL, NULL);
     R_useDynamicSymbols(dll, TRUE); // necessary for .onLoad() to work
   }
   

为什么src/init.cpp 中的代码使 Rcpp 函数未定义？相反，有没有办法编辑 src/init.cpp 以便 Stan 模型能够正确编译和访问，同时仍然允许定义 Rcpp 函数？

Answer 1

init.cpp 用于注册方法，Makevars 禁止编译 cpp 文件。随着Makevars（和Makevars.win）的以下变化，我得到了编译：

diff --git a/src/Makevars b/src/Makevars
index 7aedc5b..3ea312e 100644
--- a/src/Makevars
+++ b/src/Makevars
@@ -1,8 +1,9 @@
 STANHEADERS_SRC = `"$(R_HOME)/bin$(R_ARCH_BIN)/Rscript" --vanilla -e "cat(system.file('include', 'src', package = 'StanHeaders'))"`
 PKG_CPPFLAGS = -I"../inst/include" -I"$(STANHEADERS_SRC)" -DBOOST_RESULT_OF_USE_TR1 -DBOOST_NO_DECLTYPE -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DEIGEN_NO_DEBUG -DBOOST_MATH_OVERFLOW_ERROR_POLICY=errno_on_error

-SOURCES = $(wildcard stan_files/*.stan)
-OBJECTS = $(SOURCES:.stan=.o) init.o
+CPP_SOURCES = $(wildcard *.cpp)
+STAN_SOURCES = $(wildcard stan_files/*.stan)
+OBJECTS = $(STAN_SOURCES:.stan=.o) $(CPP_SOURCES:.cpp=.o)

 all: $(SHLIB)
                @if test -e "/usr/bin/install_name_tool" && test -e "/usr/local/clang4/lib/libc++.1.dylib" && test -e "/usr/lib/libc++.1.dylib"; then /usr/bin/install_name_tool -change /usr/local/clang4/lib/libc++.1.dylib /usr/lib/libc++.1.dylib $(SHLIB); fi

在调用Rcpp::compileAttributes() 之后，方法注册再次出现在RcppExports.cpp 中。当我尝试R CMD INSTALL 时，我收到了来自.onLoad() 的错误，c.f. https://github.com/stan-dev/rstanarm/issues/190。从那里使用解决方法，即R CMD INSTALL --preclean 首先解决了问题，但不可靠。对我来说解决问题的是改变

R_useDynamicSymbols(dll, FALSE);

进入

R_useDynamicSymbols(dll, TRUE);

在RcppExports.cpp。这当然是有问题的，因为该文件可能会被覆盖，尤其是在使用 RStudio/devtools 时。一个相当老套的解决方案是添加

RcppExports.o: patch

patch:
        sed -i 's/R_useDynamicSymbols(dll, FALSE)/R_useDynamicSymbols(dll, TRUE)/' RcppExports.cpp

.phony: all clean patch

在Makevars(.win)。但最终问题似乎是 Rcpp 模块的 C++ 代码是在包安装期间在src 的子目录中生成的。因此Rcpp::compileAttributes() 不能在注册方法列表中包含相应的方法。我没有看到一个好的解决方案。 现在，包构建、检查和安装带有两个注释：

N  checking installed package size
   installed size is  7.8Mb
   sub-directories of 1Mb or more:
     libs   7.7Mb
N  checking for GNU extensions in Makefiles
   GNU make is a SystemRequirements.