knitr 模板 - 动态块问题

Question

以下代码是针对我遇到的问题的非常简化的MRE。我尽量避免使用R 模板包，例如brew，而只使用knit_expand() 来实现我的目标。 问题是双重的：

1. 生成的块没有被解析（这在我的真实代码中没有发生，但在 MRE 中发生）
2. 代替LaTeX \includegraphics、knitr（或rmarkdown、或pandoc）生成用于插入图形的RMarkdown语法（![]）。

关于前者，我感觉可能与我错误使用get()或其论点有关。您的建议将不胜感激。 MRE 如下（'.Rmd' 文档）：

---
title: "MRE: a dynamic chunk issue"
author: "Aleksandr Blekh"
output:
  pdf_document:
    fig_caption: yes
    keep_tex: yes
    highlight: NULL
---

```{r, echo=FALSE, include=FALSE}
library(knitr)

opts_knit$set(progress = F, verbose = F)
opts_chunk$set(comment=NA, warning=FALSE, message=FALSE, echo=FALSE, tidy=FALSE)
```

```{r Preparation, results='hide'}

g1 <- plot(cars)
g2 <- plot(iris$Sepal.Length)

myPlots <- list(g1, g2)

bcRefStr <- list("objType" = "fig",
                 "objs" = c("g1", "g2"),
                 "str" = "Plots \\ref{fig:g1} and \\ref{fig:g2}")
```

```{r DynamicChunk, include=FALSE}
chunkName <- "{{name}}"
chunkHeader <- paste0("```{r ", chunkName, ", ")
chunkOptions <- "include=TRUE, results='asis', fig.height=4, fig.width=4, fig.cap='{{name}}'"
chunkHeaderFull <- paste0(chunkHeader, chunkOptions, "}")
chunkBody <- "print(get('{{name}}'))"

latexFigEnvBegin <- "cat('\\\\begin{figure}')"
latexFigEnvEnd <- "cat('\\\\end{figure}')"
latexFigCenter <- "cat('\\\\centering')"

latexObjLabel <- paste0("cat('\\\\caption{\\\\ ", "{{name}}\\\\label{", bcRefStr$objType, ":{{name}}", "}}')")

chunkText <- c(chunkHeaderFull,
               latexFigEnvBegin, latexFigCenter,
               chunkBody,
               latexObjLabel, latexFigEnvEnd,
               "```", "\n")

figReportParts <- lapply(bcRefStr$objs, function (x) knit_expand(text = chunkText, name = x))
```

`r knit(text = unlist(figReportParts))`

Answer 1

最后，我找出了导致问题的原因。 第一部分很简单。由于建议的简化，我已从ggplot2 切换到标准R 图形功能。问题是plot() 似乎没有返回值/对象，所以这就是为什么在输出中看到了 NULL，而不是绘图。

第二部分有点棘手，但对相关问题 (https://stackoverflow.com/a/24087398/2872891) 的回答澄清了这种情况。根据该信息，我能够相应地修改我的 MRE，并且生成的文档显示正确的内容（同样适用于生成的 LaTeX 源，它似乎已准备好进行交叉引用）。

我正在考虑将此代码转换为更通用的函数，以便在我的项目中重用，如果时间允许的话[不应该花很长时间]（@Yihui，这对knitr 项目有用吗？）。感谢所有花时间分析、帮助或只是阅读此问题的人。我认为knitr 的文档应该更清楚地说明与从RMarkdown 源生成PDF 文档相关的问题。下面是我对 MRE 的解决方案。

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title: "MRE: a dynamic chunk issue"
author: "Aleksandr Blekh"
output:
  pdf_document:
    fig_caption: yes
    keep_tex: yes
    highlight: NULL
---

```{r, echo=FALSE, include=FALSE}
library(knitr)
library(ggplot2)

opts_knit$set(progress = F, verbose = F)
opts_chunk$set(comment=NA, warning=FALSE, message=FALSE, echo=FALSE, tidy=FALSE)
```

```{r Preparation, results='hide'}
library(ggplot2)

g1 <- qplot(mpg, wt, data=mtcars)
g2 <- qplot(mpg, hp, data=mtcars)

myPlots <- list(g1, g2)

bcRefStr <- list("objType" = "fig",
                 "objs" = c("g1", "g2"),
                 "str" = "Plots \\ref{fig:g1} and \\ref{fig:g2}")
```

```{r DynamicChunk, include=FALSE}

latexObjLabel <- paste0("{{name}}\\\\label{", bcRefStr$objType, ":{{name}}", "}")

chunkName <- "{{name}}"
chunkHeader <- paste0("```{r ", chunkName, ", ")
chunkOptions <- paste0("include=TRUE, results='asis', fig.height=4, fig.width=4, fig.cap='", latexObjLabel, "'")
chunkHeaderFull <- paste0(chunkHeader, chunkOptions, "}")
chunkBody <- "print(get('{{name}}'))"

chunkText <- c(chunkHeaderFull,
               chunkBody,
               "```", "\n")

figReportParts <- lapply(bcRefStr$objs, function (x) knit_expand(text = chunkText, name = x))
```

`r knit(text = unlist(figReportParts))`