使用 knit_expand() 从模板中提取 R 代码答案

【问题标题】：extract R code from template using knit_expand()使用 knit_expand() 从模板中提取 R 代码
【发布时间】：2017-06-20 14:36:09
【问题描述】：

我使用knitr 生成了一个动态文档。该文件使广泛使用包的knit_expand() 函数模板。这是由 MWE 说明的（基于谢一辉自己的 example 函数）。

主文档knit-expand-MWE.Rnw

\documentclass{article}

\title{How to extract code when using\\
knit\_expand() for templates?}%
\author{Knitr User}

\begin{document}

\maketitle
\tableofcontents

\newpage
\section{Write one row of data}

Only the first two sections are evaluated.

<<run-all, include=FALSE>>=
library(knitr)
src = NULL
for (i in 1:3) src = c(src, knit_expand('template.Rnw'))
@

\Sexpr{paste(knit(text = src), collapse = '\n')}

\end{document}

主文档调用的模板template.Rnw

\subsection{Now i is {{i}}}

This chunk is {{if (i > 2) 'not '}}evaluated.
<<row-{{i}}, eval={{i <= 2}}>>=
# row number {{i}}
iris[{{i}}, ]
@

我现在需要提取相应的 R 代码。运行purl("knit-expand-MWE.Rnw") 输出knit-expand-MWE.R，其中包括块中的代码以及对模板的引用：

## ----run-all, include=FALSE----------------------------------------------
library(knitr)
src = NULL
for (i in 1:3) src = c(src, knit_expand('template.Rnw'))

我想要的是相应的“扩展”代码（为了不使用knitr的同事的利益），例如：

## ----row-1, eval=TRUE----------------------------------------------
## row number 1
iris[1, ]

## ----row-2, eval=TRUE----------------------------------------------
## row number 2
iris[2, ]

## ----row-3, eval=FALSE----------------------------------------------
## row number 3
iris[3, ]

我怎样才能做到这一点？

【问题讨论】：

标签： r knitr dynamic-reports reproducible-research

【解决方案1】：

您可以在src 上运行purl()，例如。 g.

purl(text = src, output = 'knit-expand.R')

【讨论】：

在 MWE 中，将那行代码放在 run-all 块的底部就可以了。但是，如果该块位于主文档调用的子文档中，则编译会因以下错误而窒息：## Error in parse block(g[-1], g[1], params.src): duplicate label ’row-1’。有没有办法解决这个问题？
我不太确定这个错误在这种情况下是否有意义，但您可以通过设置options(knitr.duplicate.label = 'allow') 来抑制它。
我相信问题是knit_child() 和purl() 都有效地在src 上调用knit()，这会导致标签重复（没有重复否则标签）。因此，您在上面建议的选项可以解决问题。谢谢一辉！
你说得对，purl()本质上是调用knit()，导致标签重复的问题。