试图从大 mcmc.list 中提取内存已耗尽答案

【问题标题】：Memory exhausted trying to extract from big mcmc.list试图从大 mcmc.list 中提取内存已耗尽
【发布时间】：2015-03-14 19:41:00
【问题描述】：

我在尝试从大 mcmc.list 中提取单个变量时遇到问题：

> x <- outRJ$mcmc[,'avail_int']
Error: cannot allocate vector of size 146.8 Mb

outRJ$mcmc mcmc.list 很大，实际上是 442 MB（包含 3 个链的数据，大约 960 个变量，每个 20000 次迭代）：

> object.size(outRJ$mcmc)/1024/1024
[1] 442.5508 #

但单个变量应该只有 234 kB！但是提取它似乎需要更多的内存！

【问题讨论】：

【解决方案1】：

当前的子集代码（在函数 [.mcmc.list）中在子集之前复制列表的每个元素。我已经修改了开发版coda中的代码。与此同时，Matt 的解决方法应该可以，因为它还避免了冗余副本。

【讨论】：

【解决方案2】：

我认为这应该可行：

 x <- as.mcmc.list(lapply(outRJ$mcmc, function(x) return(x[,'avail_int',drop=FALSE])))

马特

【讨论】：