使用 roxygen2 R CMD 检查 codoc mismatches 警告记录参考类

Question

我正在尝试使用 roxygen2 为引用类对象制作文档，但是当我运行 R CMD 检查时，我不断收到此警告：

  S4 class codoc mismatches from documentation object 'myRefClass-class':
  Slots for class 'myRefClass'
  Code: .xData
  Inherited: .xData
  Docs: field1 field2

这是与上述警告相关的 ref 类和 roxygen2 块：

#' @title myRefClass class
#' @description Description of myRefClass
#' @import methods
#' @exportClass myRefClass
#' @slot field1 A character slot
#' @slot field2 A numeric slot
myRefClass<-setRefClass(Class="myRefClass", 
                        fields=list(field1="character", 
                        field2="numeric"))

这是生成的 R 文档：

myRefClass-class {testPackaging} R 文档 myRefClass 类

说明

myRefClass 的描述

插槽

字段1 一个字符槽

字段2 一个数字槽

至于我能找到的文档，codoc 正在测试我的代码和文档之间的一致性。据我所知，所有插槽名称都是相同的；也许我错过了一些东西。 不确定文档是否应该自动将其标记为参考类，或者我是否应该以某种方式指出这一点？ 我发现 R 文档表明插槽“.xData，用于启用从异常类型的继承”，但我不确定它为什么适用于我在这里所做的事情，或者我是否应该对它做一些事情。

我已经尝试了许多 roxygen 标签的排列，并保持接近此处找到的结构似乎给了我最好的结果/来自 R CMD 检查的最少警告：Roxygen2 - how to @export reference class generator? 我一直在网上寻找有关如何将 roxygen2 与参考类一起使用的示例；也许我找错地方了——我运气不太好。

我正在使用 roxygen2 v 3.1.0 / RStudio 版本 0.98.501 / R 版本 3.0.3 / OSX 10.9.2 （注意：尝试升级到 roxygen2 v 4.0 并且它完全被引用类阻塞，以至于根本没有生成任何文档）

如果有人知道使用 roxygen2 和参考类的 CRAN 包，以便我可以看到它是如何正确完成的，或者如果有人知道我做错了什么，我们将不胜感激。我是 R 包构建的新手。

Answer 1

我通常使用@section Fields，所以在这种情况下：

#' @title myRefClass class
#' @description Description of myRefClass
#' @import methods
#' @exportClass myRefClass
#' @section Fields:
#' \describe{
#' \item{\code{field1}:}{Object of class \code{"character"}, field1 description here}
#' \item{\code{field2}:}{Object of class \code{"numeric"}, field2 description here}
#' }

myRefClass<-setRefClass(Class="myRefClass", 
                        fields=list(field1="character", 
                        field2="numeric"))

更新：使用 roxygen2 4.0.1

#' A Reference Class to represent test1.
#' @name test1
#' @import methods
#' @exportClass myRefClass
#' @field field1 A character vector
#' @field field2 A numeric vector

myRefClass<-setRefClass(Class="myRefClass", 
                        fields=list(field1="character", 
                                    field2="numeric"))

产生

A Reference Class to represent test1.
Description

A Reference Class to represent test1.
Fields

field1

    A character vector
field2

    A numeric vector