在 knitr 块内的循环中评估 LaTeX 语法并调整绘图 dpi

Question

对不起，如果这个问题很愚蠢。我正在尝试运行回归并将汇总表和诊断图发送到 PDF 文件。我发现这个包非常有用，但有两个基本问题。

1. 我可以使用 LaTeX 在 Chunk 中格式化页面吗？
2. 有没有办法减小绘图的大小（我需要减小 pdf 文件的大小）？我尝试设置 dpi 并使用 png 而不是 plot，但没有成功。

感谢您的任何建议。

这是我的代码：

\documentclass[10pt]{article}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{amssymb}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{setspace}
\usepackage[margin = 1in]{geometry}

\begin{document}
\SweaveOpts{concordance=TRUE}
\section{Risk $\sim$ log(Parameters)}
<<fig.width=5,  fig.height=4.5, message=FALSE, tidy=TRUE, fig.align="center", echo=FALSE, warning=FALSE, eval=TRUE>>=
library(R.matlab)
for (k in 1:6){
data_t=readMat("I:\\Dropbox\\Rregression\\matlab_size.mat")

data=data.frame(NA, nrow = length(data_t[[1]]), ncol = 7)
data=data.frame(rho=data_t[[1]],Risk=data_t[[2]],Mass.f=data_t[[3]],Mass.utf=data_t[[4]],Mass.w=data_t[[5]],
                ach=data_t[[6]],p=data_t[[7]])

data2=log(subset(data,select=-c(Risk)))
N_reg=dim(data2)[2]
num_ele=k
Comb=combn(N_reg,num_ele)
N_comb=ncol(Comb)
Results=data.frame(NA,ncol=4,nrow=N_comb)
TSS=sum((data$Risk-mean(data$Risk))^2)

for (i in 1:N_comb){  
  data_temp=data2[,Comb[,i]]  
  lm_temp=lm(data$Risk~as.matrix(data_temp))
  name=paste("lm_", i, sep="")
  assign(name, lm_temp)
  Results[i,1]=summary(lm_temp)$r.squared
  Results[i,2]=summary(lm_temp)$adj.r.squared
  Results[i,3]=sum(resid(lm_temp)^2)
  Results[i,4]=sum((fitted(lm_temp)-mean(fitted(lm_temp)))^2)
} 
colnames(Results)=c("R2", "Adj_R2", "RSS", "ESS")
best_col=which(Results[,2]==max(Results[,2]))

cat ('Number of independent variables=', k)
print (summary(eval(parse(text=(paste("lm_", best_col, sep=""))))))
print (Results[best_col,])
par(mfrow=c(2,2),mar=c(3,3,3,3))
plot(eval(parse(text=(paste("lm_", best_col, sep=""))))) #question 2: is there a way to reduce dpi of plot? 
\newpage #Here is question 1, I want to add a page break after printing a pair of summary table and plots
}

@
\end{document}

更新

当您在块中涉及循环时发现格式问题。根据一辉的建议，我跑了

library(devtools)
install_github('evaluate', 'hadley')
install_github('knitr', 'yihui')

在 R 控制台中。但是，遇到了以下与小插图相关的错误：

* installing the package to re-build vignettes
* creating vignettes ... ERROR
C:/PROGRA~1/R/R-215~1.1/bin/Rscript -e "library(knitr); knit2pdf('knitr-intro.Rnw')"
/usr/bin/sh: -c: line 0: syntax error near unexpected token `('
/usr/bin/sh: -c: line 0: `C:/PROGRA~1/R/R-215~1.1/bin/Rscript -e \library(knitr); knit2pdf(knitr-intro.Rnw)\'
make: *** [knitr-intro.pdf] Error 1
Error in tools::buildVignettes(dir = ".") : running 'make' failed
Execution halted
Error: Command failed (1)
In addition: Warning message:
running command '"C:/PROGRA~1/R/R-215~1.1/bin/x64/R" --vanilla CMD build "C:\Users\th\AppData\Local\Temp\RtmpSMRGAq\yihui-knitr-568a092" --no-manual --no-resave-data' had status 1 

那么，关于如何解决这个问题的任何建议？我已经安装了 MikTex 2.9，并尝试直接从 Git 下载 Knitr 包并在 Windows shell 中构建。我有以下错误：

C:\Users\th\Documents\R\win-library\2.15>R CMD build knitr --no-vignettes
* checking for file 'knitr/DESCRIPTION' ... OK
* preparing 'knitr':
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK
Warning in file(con, "r") :
  cannot open file 'man': No such file or directory
Error in file(con, "r") : cannot open the connection
 ERROR
computing Rd index failed

Answer 1

您可以大大简化您的示例。两个问题的答案（详细文档请参阅http://yihui.name/knitr/options）：

1. 是的，使用results='asis'；
2. 如果你想使用png设备，你可以为chunk设置更小的dpi； R 的pdf() 设备已经压缩了绘图，如果默认的 PDF 压缩对您不满意，png 可能是唯一的选择；默认的dpi 是 72，我认为较小的值不会有太大帮助

这是一个最小的例子：

\documentclass{article}

\begin{document}

hi

<<output-tex, results='asis'>>=
x = rnorm(1000)
cat('\\newpage')
@

here is a plot

<<smaller-png, dev='png', dpi=30>>=
plot(x)
@

\end{document}