在 .Rprofile 和 .Renviron 中设置 R 的默认行为。了解在哪里做什么答案

【问题标题】：Setting R's default behaviour in .Rprofile and .Renviron. Understanding what to do where在 .Rprofile 和 .Renviron 中设置 R 的默认行为。了解在哪里做什么
【发布时间】：2021-11-04 12:20:53
【问题描述】：

我正在尝试了解 .Renviron 和 .Rprofile 文件的用途。如果我理解正确的话，.Rprofile 是一种启动脚本，来源于 R 代码，用于设置用户可能一直需要的选项和环境变量，或者针对特定项目。另一方面，.Renviron 在 .Rproject 之前加载，并且只定义环境变量。

根据设计，我了解 R 将加载用户或项目级别的 .Renviron 和 .Rprofile 文件，但不会同时加载用户和项目级别的文件。本质上，R 只会加载项目特定的 .Rprofile 和 .Renviron 文件，前提是它们已定义。也就是说，将一些库和函数放入 user 级别 .Rprofile 是明智的，因为我几乎一直都需要它（例如，我经常使用 dplyr 语法），而在同时我也想加载项目特定的库和函数。

.Renviron 文件的用途对我来说更加难以捉摸。据我了解，它的目的是存储environment variables, such as passwords, API keys, etc.。但是，我也可以使用Sys.setenv() 在.Rprofile 中设置环境变量。例如，我在项目的 .Rprofile 中设置了环境变量，以使用以下包的并行化：

Sys.setenv(OMP_NUM_THREADS=parallel::detectCores())
library(OpenMx)

由于 .Renviron 不使用代码，我的假设是我可以使用以下语法将此行放入 .Renviron 文件中：

OMP_NUM_THREADS=[number of cores]

但是，我发现关于如何在 .Renviron 中设置环境变量的有用信息很少，以及在这里放什么是可取的。

因此我的问题是：

在项目中工作时，如何同时加载用户和项目级别的 .Renviron 和 .Rproject 文件？
我通常会在 .Renviron 中放入哪些环境变量？（任何关于如何设置变量的列表或教程将不胜感激。）
在哪些情况下建议将环境变量添加到 .Renviron 而不是在 .Rprofile 中使用 Sys.setenv()，反之亦然？

【问题讨论】：

你看到help(Startup)中的（很长，但很详细）的描述了吗？

标签： r rprofile renviron

【解决方案1】：

不过，我也可以使用 Sys.setenv() 在 .Rprofile 中设置环境变量。

“是的，但是”这些在标准 POSIX 行为下不会改变之前必须设置变量的运行进程。

我就像你一样，尽量只用~/.Rprofile（甚至整台机器只用Rprofile.site），但最终在.Renviron 中添加了一些东西

R_LIBS_USER 到 "" 因为我不想在下面安装~
R_MAX_NUM_DLLS 必须在这里
加上一些服务令牌
加上一个reticulate 选项
加上一个R CMD check 选项

所以在某些情况下，您实际上必须使用.Renviron（或Renvirob.site）。

【讨论】：