循环R中的字符向量答案

【问题标题】：Loop over character vector in R循环R中的字符向量
【发布时间】：2020-04-13 06:30:19
【问题描述】：

我正在尝试构建一个 for() 循环来为数据集中的基因列表绘制和保存 ggplot。我的初始代码如下：

for(i in genelist){
  plot <- ggplot() +
           geom_density(data = mydata, aes(x=log2(i)), fill="pink", alpha = 0.5) +
           xlab(paste("log2 ", i))
  ggsave(plot, filename = paste("plot_",i ,".png"))
  }

genelist 是一个 chr 向量。

mydata 是一个数据框，其中 colnames 是基因名称，rownames 是患者条形码，matrix 是计数值。

我得到以下错误：

图像节省 11.3 x 5.98 log2(i) 中的错误：数学函数的非数字参数

由于错误似乎来自绘图保存，我尝试了没有代码：

for(i in genelist){
  plot <- ggplot() +
           geom_density(data = mydata, aes(x=log2(i)), fill="pink", alpha = 0.5) +
           xlab(paste("log2 ", i))
   }

循环结束没有错误（i = 我在基因列表中的最后一个基因）但是当我试图显示情节时：

log2(i) 中的错误：数学函数的非数字参数

我做错了什么？

【问题讨论】：

如果您包含一个简单的reproducible example，其中包含可用于测试和验证可能解决方案的示例输入和所需输出，则更容易为您提供帮助。但是问题很可能是您尝试在已被女士评估的aes() 中使用i。也许aes(x=log2(.data[[i]])) 会起作用。还要使用paste0() 而不是paste() 以确保您的文件名没有空格。
效果很好，谢谢！你能解释一下 .data[[i]] 的语法吗？在我对 R 的有限了解中，[[ ]] 用于对列表进行子集化。这是否意味着 .data[[i]] 告诉从列表“i”中获取数据，并且由于“i”是对应于 mydata 列的基因名称（数据框列是列表，对吗？）它返回其值？为什么 is 不能仅与 [[i]] 一起使用？
.data 是 ggplot 在绘图时为您创建的“神奇”变量。正如您尝试做的那样，它可以更轻松地通过字符值对数据进行子集化。这是一种避免使用!!sym() 方法的方法。

标签： r for-loop plot character

【解决方案1】：

我们可以写一个函数：

library(ggplot2)

plot_save <- function(i) {
    plot <- ggplot() +
             geom_density(data = mydata, aes(x=log2(!!sym(i)), 
                          fill="pink", alpha = 0.5)) +
             xlab(paste("log2 ", i))

    ggsave(plot, filename = paste0("plot_",i ,".png"))
}

并将genelist 传递给函数。

lapply(genelist, plot_save)

【讨论】：

这也很完美，谢谢！同样在这里，你能解释一下 !!sym(i) 语法吗？
genelist是一个字符向量，使用sym我们将字符值转换为符号。