R - 使用 remotes::install_github 安装包要求 BiocManager::install() 找不到的更高版本的依赖项

Question

我需要安装一些应该与 remotes::install_github() 一起安装的软件包

“acidgenomics/basejump” 或 “satijalab/seurat”。

在安装过程中，需要升级其他几个包版本。 BiocManager::install 程序找不到这些版本，我必须安装这些依赖包版本：

R CMD INSTALL IRanges_2.20.2.tar.gz 

然后其他使用相同包的包停止工作。像 DESeq2， 我得到了错误：

Error: package or namespace load failed for ‘DESeq2’:
 objects ‘rowSums’, ‘colSums’, ‘rowMeans’, ‘colMeans’ are not exported by 'namespace:S4Vectors'

我发现很少有答案说它发生了（比如url）

remotes::install_github() 没有选择正确的 Bioconductor devel repos，而使用 BiocManager::install() 安装确实有效 正如预期的那样。

我们将 R 3.6.0 作为一个模块安装，许多用户使用相同的 R 版本。我需要所有的包来为每个人工作。

我怎样才能使所有不同的包版本都能正常工作？

Answer 1

最后，我使用 Bioconductor 3.10 安装新版本的 R 3.6.3，并且所有软件包都安装正确。