rJava 使用 toString 失败答案

【问题标题】：rJava fails with toStrinrJava 使用 toString 失败
【发布时间】：2016-05-20 23:22:14
【问题描述】：

我正在使用 R 中的 venneuler 包来绘制我的数据集的维恩图，该数据集很大（总共 53.6 MB）。

如果这有帮助，我的代码是：

library(venneuler)
albert <- read.table("Albert/proliferating_v_senescent.nucleotides")
metilene <- read.table("Metilene_v0.2-5/proliferating_v_senescent.nucleotides")
albert <- as.character(albert[,1])
metilene <- as.character(metilene[,1])
elements <- c(albert,metilene)
sets <- c(rep("albert",times = length(albert)),c(rep("metilene",times=length(metilene))))
m <- data.frame(elements = elements, sets = sets)
rm(metilene)
rm(albert)
v <- venneuler(m)

运行此 R 脚本会引发错误：

Error in .jnew("edu/uic/ncdm/venn/data/VennData", as.character(combinations[,  : 
Java Exception <no description because toString() failed>.jnew("edu/uic/ncdm/venn/data/VennData", as.character(combinations[, 1]), as.character(combinations[, 2]))<S4 object of class "jobjRef">

我以前没用过java，也不知道是什么原因造成的。我在 Google 搜索中找不到此错误。

当我从 linux 终端运行它时，我得到一个完全不同的错误：

Error in .jnew("edu/uic/ncdm/venn/data/VennData", as.character(combinations[,  : 
  java.lang.OutOfMemoryError: GC overhead limit exceeded
Calls: venneuler -> .jnew -> .External

我确实在Handling java.lang.OutOfMemoryError when writing to Excel from R 看到 this 错误，但我不明白如何在 R 中实现他们的解决方案。

即，类似“-Xmx2048M”的东西，但我不明白如何实现。

谢谢

【问题讨论】：

此示例不可重现，因为没有其他人可以访问您的数据。请在问题中包含可由其他人运行的示例数据。
在加载 venneuler 之前使用 rJava::.jinit(parameters="-Xmx2g") 或类似的内存来提高内存。或者，您可以使用option(java.parameters="-Xmx2g")。一般来说，直接问作者，你会更快得到答案。

标签： java r out-of-memory rjava venn-diagram

【解决方案1】：

这里的解决方案是使用 gplots 包中包含的 venn 命令，它非常很容易工作。我不知道为什么 venneuler 不起作用。

【讨论】：

你应该通过添加工作代码来完成这个答案。