为 linux (Ubuntu for Windows) 安装 biomaRt 包 (R 版本 3.5.2)

【问题标题】：Install biomaRt package (R version 3.5.2) for linux (Ubuntu for Windows)为 linux (Ubuntu for Windows) 安装 biomaRt 包 (R 版本 3.5.2)
【发布时间】：2019-02-28 22:06:58
【问题描述】：

我正在尝试安装 Biomart 包，我使用了以下代码：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite("biomaRt")
    library("biomaRt")

我收到以下警告消息：

Warning messages:
1: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘curl’ had non-zero exit status
2: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘openssl’ had non-zero exit status
3: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘XML’ had non-zero exit status
4: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘RCurl’ had non-zero exit status
5: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘httr’ had non-zero exit status
6: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘biomaRt’ had non-zero exit status

有人帮忙吗？谢谢。

【问题讨论】：

标签： r ubuntu r-package biomart

【解决方案1】：

这里的问题是 R 需要编译其他 R 包：curl、openssl、XML、RCurl。为此，需要在您的 Linux 平台上安装一些开发库。

您通常可以猜到它们可能被称为什么：如果 R 包“XXX”有问题，您需要 apt-cache search 获取类似 libXXX-dev 的信息。通常，名称也包含一个数字。因此，您可以尝试，例如，从命令行：

sudo apt-get update
apt-cache search libcurl | grep dev

搜索libcurl开发包。

然后就可以安装了，例如：

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

至少，我认为你需要这样的东西：

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
sudo apt-get install libxml2-dev

然后再次尝试安装 R 包。记下任何错误消息，根据需要安装更多库，重复直到它工作为止。

使用适当术语的网络搜索应找到有关安装所需系统依赖项的更多信息。

【讨论】：