由于 getNodeSet {XML} 错误，biomaRt getBM 无法正常工作答案

【问题标题】：biomaRt getBM not working due to getNodeSet {XML} error由于 getNodeSet {XML} 错误，biomaRt getBM 无法正常工作
【发布时间】：2021-05-30 08:19:10
【问题描述】：

我在 r 中运行以下代码，但它不工作。 getBM 似乎不适用于任何参数。我做错了吗？

ibrary(biomaRt)

ensembl <- useEnsembl(biomart = "genes")
ensembl <- useEnsembl(biomart = "ensembl", 
                       dataset = "hsapiens_gene_ensembl", 
                       mirror = "useast")
affyids <- c("202763_at","209310_s_at","207500_at")
getBM(attributes = c('affy_hg_u133_plus_2', 'entrezgene_id'),
       filters = 'affy_hg_u133_plus_2',
       values = affyids, 
       mart = ensembl)

我得到的错误是 Error in getNodeSet(html, path = "//div[@class='plain-box float-right archive-box']")[[1]] : subscript out of bounds 我在 r 版本 3.6.3 和 4.1 中都试过这个

【问题讨论】：

我认为是因为ensembl的biomart服务目前不可用。谢谢。

标签： r xml biomart

【解决方案1】：

根据https://www.ensembl.org/info/，Ensembl 暂时不可用。

【讨论】：