来自 bioconductor/R 的 Bowtie 包 - 错误：包“Rbowtie”编译失败答案

【问题标题】：Bowtie package from bioconductor/R - ERROR: compilation failed for package ‘Rbowtie’来自 bioconductor/R 的 Bowtie 包 - 错误：包“Rbowtie”编译失败
【发布时间】：2014-06-03 13:40:24
【问题描述】：

我正在尝试安装生物导体的“Rbowtie”包。我正在使用最新版本的 R (3.1.0) 在 ubuntu 12.4 LTS 上以 root 模式运行 R。

编辑：here is the package container

这是我所做的（这适用于所有其他包）：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("Rbowtie")

这是我收到的完整错误消息：

BioC_mirror: http://bioconductor.org
Using Bioconductor version 2.14 (BiocInstaller 1.14.2), R version
3.1.0.
Installing package(s) 'Rbowtie'
essai de l'URL 'http://bioconductor.org/packages/2.14/bioc/src/contrib/Rbowtie_1.4.4.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 880659 bytes (860 Kb)
URL ouverte
==================================================
downloaded 860 Kb

* installing *source* package ‘Rbowtie’ ...
** libs
** arch - 
g++ -O3 -m32 -DCOMPILER_OPTIONS="\"-O3 -m32  -Wl,--hash-style=both -DPOPCNT_CAPABILITY -       g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Wformat-security -Werror=format-  security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g   -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Wformat-security -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  \""  -Wl,--hash-style=both -DPOPCNT_CAPABILITY -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Wformat-security -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g   -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Wformat-security -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g    \
    -fno-strict-aliasing -DBOWTIE_VERSION="\"`cat VERSION`\"" -  DBUILD_HOST="\"`hostname`\"" -DBUILD_TIME="\"`date`\"" -DCOMPILER_VERSION="\"`g++ -v 2>&1 | tail -1`\"" -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_GNU_SOURCE  -DPREFETCH_LOCALITY=2 -DBOWTIE_MM -DBOWTIE_SHARED_MEM -DNDEBUG -Wall \
    -I SeqAn-1.1 -I third_party \
    -o bowtie-build ebwt_build.cpp \
    ccnt_lut.cpp ref_read.cpp alphabet.cpp shmem.cpp edit.cpp ebwt.cpp tinythread.cpp  bowtie_build_main.cpp \
    -lpthread 
ebwt.h: Assembler messages:
ebwt.h:1909: Error: invalid instruction suffix for `popcnt'
ebwt.h:1909: Error: invalid instruction suffix for `popcnt'
ebwt.h:1909: Error: invalid instruction suffix for `popcnt'
ebwt.h:1909: Error: invalid instruction suffix for `popcnt'
make: *** [bowtie-build] Erreur 1
ERROR: compilation failed for package ‘Rbowtie’
* removing ‘/home/retureau/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.1/Rbowtie’

The downloaded source packages are in
‘/tmp/Rtmp1qDuN3/downloaded_packages’
Message d'avis :
In install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) :
installation of package ‘Rbowtie’ had non-zero exit status

谢谢。

【问题讨论】：

最好不要以 root 身份安装软件包，而是以个人用户身份安装软件包，或者以具有在（世界）可读位置安装软件包权限的用户身份安装软件包。最好在对话中解决或包括包维护者（来自package landing page），并在Bioconductor mailing list 上询问有关Bioconductor 包的问题（无需订阅）。很抱歉没有直接提供帮助。
我用邮件列表询问了他们。没有答案。我终于下载了源文件并用“make”“安装”。它可以工作，但没有 R，我不知道如何让他进入 R（除了自己制作脚本：/）。如果我制作一个脚本，我是否应该为 R 制作一个包，或者我可以将这些文件放在“lib”目录中吗？曾经试过做一个包，太可怕了>.
您的邮件中应该包含 maintainer 包（我已将邮件转发给他）。该软件包在 ubuntu 12.04 Bioconductor build machine 上成功构建，因此您的设置有一些特别之处，例如 g++ --version。我相信包作者会回复，但他当然必须先知道有问题！
好的，非常感谢。我之前从未使用过这种“邮件”列表^^这就是为什么我有点迷路，但我想我明白了。实际上我将我的 g++ 升级到了最新版本，但它没有用。所以，我下载了这个包，并直接在 Ubuntu 上安装了 bowtie（我可以用终端启动它）。然后我在这里找到了一个旧版本的 Rbowtie：bioconductor.org/packages/2.12/bioc/html/Rbowtie.html 这个可以工作（我在下载 pkg 后用“install.packages”安装了它）但总是要求我更新（同样的错误）。

标签： r bioinformatics bioconductor

【解决方案1】：

我在此处添加了我们在 Bioconductor 邮件列表中讨论的最后一条消息以及解决方案，以便最终访问此页面的人知道它。

我已更新 Rbowtie 以包含由 bowtie 开发人员修复的内容，应该允许在其他平台上编译。

Rbowtie 版本 1.4.5（发布）或 1.5.5 的更新（开发）应该可以解决问题。

最好的祝愿，迈克尔

【讨论】：