从 cox.zph 存储和绘制样条拟合答案

【问题标题】：Storing and plotting spline fit from cox.zph从 cox.zph 存储和绘制样条拟合
【发布时间】：2015-09-17 14:53:33
【问题描述】：

我有 50 个由老鼠创建的多重插补数据集，我在每个数据集上运行 Cox 模型。我需要随着时间的推移验证比例风险的假设，为此我将查看 cox.zph 中的图。

我想做的是在同一个图上绘制来自每个数据集的样条线。我知道这通常会在调用lines() 之后使用plot 完成，但是当我使用我的 zph 对象执行此操作时，R 会连接每个点，这显然不是我想要的。

我尝试绘制一次，然后循环绘制它。单个 zph 只是我所有 cox 分析的列表

plot(individual_zph[[1]][1],resid=FALSE,ylim=c(-1.5,1),se=FALSE)

for(i in 2:50){
par(new=TRUE)
plot(individual_zph[[i]][1],resid=FALSE,ylim=c(-1.5,1),se=FALSE) 
}

这将把它全部放在一个情节上，但它是模糊/粗体的，因为同一件事已经被绘制了很多次。

有没有更好的方法来做到这一点，或者这个情节是我能得到的最好的？

【问题讨论】：

我有一个 github 可安装包 - github.com/hrbrmstr/gghazard，它可以让你“强化”分析中的数据并使用 ggplot2。如果 pkg 解释性不够，请发布一些真实数据，我可以在这里展示一个示例。

标签： r plot survival-analysis cox-regression r-mice

【解决方案1】：

在你的情节中添加一点阿尔法。您没有提供可重复的示例，因此我不得不提出自己的示例。这些图在非 Windows 环境中看起来更好

a=0.3
b=1.6
g=0.8

curve(5+(a*x)+(b*(x^2))-(g*(x^3)), from=-100, to=100, col=rgb(0, 0, 139,alpha = 40, maxColorValue = 255 ))


for (i in 1:200){

a=runif(n = 1, min=0.1, max=0.8)
b=runif(n = 1, min=1, max=2.5)
g=runif(n = 1, min=0.65, max=1.4)

curve(5+(a*x)+(b*(x^2))-(g*(x^3)), from=-100, to=100, add = T, col=rgb(0, 0, 139,alpha = 40 , maxColorValue = 255))
}

【讨论】：