mac 中 Rcpp 包中的 dyn.load 错误答案

【问题标题】：error in dyn.load in Rcpp package in macmac 中 Rcpp 包中的 dyn.load 错误
【发布时间】：2013-12-13 17:31:39
【问题描述】：

我在加载编译对象 Rcpp 编译对象时遇到问题。我正在从源代码编译 RcppSMC 包。我

Error in dyn.load("mylib.so") : 
  unable to load shared object '/Users/avi/softwares/RcppSMC/src/mylib.so': 
  dlopen(/Users/avi/softwares/RcppSMC/src/mylib.so, 6): Symbol not found: __ZNSoD0Ev
  Referenced from: /Users/avi/softwares/RcppSMC/src/mylib.so
  Expected in: flat namespace
 in /Users/avi/softwares/RcppSMC/src/mylib.so

我正在使用 clang 编译以下版本。我认为存在一些编译问题，因为如果我从 CRAN dyn.load 下载 mac os 二进制文件。

Apple LLVM version 5.0 (clang-500.2.79) (based on LLVM 3.3svn)
Target: x86_64-apple-darwin13.0.0 

clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I../inst/include -I/usr/local/include -I"/Users/avi/Library/R/3.0/library/Rcpp/include"   -fPIC  -g -O3 -pipe -std=c++0x -Wall -pedantic -c blockpfgaussianopt.cpp -o blockpfgaussianopt.o
  .....
clang++ -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/usr/local/lib -L/usr/local/lib -o mylib.so blockpfgaussianopt.o history.o pflineart.o pfnonlinbs.o smc-exception.o /Users/avi/Library/R/3.0/library/Rcpp/lib/libRcpp.a -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation

安装到 /Users/avi/Library/R/3.0/library/RcppSMC/libs

这是一个奇怪的问题，因为 sourceCpp 正在机器中工作。

【问题讨论】：

标签： r macos installation clang rcpp

【解决方案1】：

如果您尝试从源代码安装链接到 Rcpp 的软件包，您可能还需要从源代码安装 Rcpp。

假设您使用的是 OS X Mavericks，在 StackOverflow 上也有类似的帖子存在类似的问题。

【讨论】：

谢谢凯文。那是我的愚蠢。我确实读过关于编译 Rcpp 应该从源代码安装。但是忽略了它，认为它是推荐的而不是必要的。从源代码安装时，它绝对可以顺利运行。
没问题。由于旧的（和 CRAN 使用的）编译器和新的 clang 编译器之间的 ABI 兼容性，它最近才成为 Mac OSX Mavericks 用户的必需品。希望 R 3.1.0 能够解决问题。

【解决方案2】：

我的一位同事遇到了同样的问题。

我们尝试了在互联网上找到的所有可能的解决方案。

我们最终得出结论，是新版本的 Mac (Mojave) 导致了这些类型的问题。

他降级到 Sierra 并重新安装了所有内容。这解决了他的问题。

【讨论】：

我遇到了同样的问题，而您的解决方案正是我最终为使其正常工作而采取的措施。感谢您发帖，因为我最初认为有一个我没有发现的特定 MacOS 版本的解决方法。
可能有一些解决方法，但我们没有找到：/