rmongodb + 闪亮 --> 错误 15答案

【问题标题】：rmongodb + shiny --> error 15rmongodb + 闪亮 --> 错误 15
【发布时间】：2014-07-11 13:00:33
【问题描述】：

我正在使用 mongodb 为闪亮的应用程序保存一些数据。它似乎工作正常，只是当我在闪亮的应用程序中调用它时，一个 mongo.update 操作不起作用。疯狂的是，如果我在 R 中手动使用它，一切正常。

所以我尝试了 rmongodb 中的所有“错误获取”功能，在尝试更新 mongo.get.err 后，如果在闪亮的应用程序中运行，则返回“15”，但在手动运行时返回“0”。我只能找到一个列表来解释这个错误的含义（https://jira.mongodb.org/browse/NODE-153），它似乎意味着溢出。就我所见，mongodb 日志根本没有说什么。

我尝试使用print 进行调试，并将所有参数输入mongo.update，我确信它传递了正确的数据。

所以剩下的就是弄清楚使用 shiny + rmongodb 是如何串通起来造成这个问题的。

我传递的 bson 对象包含一个 714.6 Kb 的序列化对象。如果我从对象中删除它，mongo.update 就成功了。那么究竟是什么原因造成的呢？任何提示表示赞赏。这两天我一直在拔头发……

mongodb版本：2.6.3
rmongodb 版本 1.6.53
R 开发中（不稳定）(2014-03-05 r65119)
64 位 Linux 薄荷

【问题讨论】：

标签： r mongodb serialization shiny rmongodb

【解决方案1】：

“讨论”总结： boot函数将整个工作环境保存在输出中（大概是为了多线程的目的）。这显然意味着当对象被序列化时，环境中的所有变量都会被序列化。由于这个原因，对象可能会变得非常大，而 rmongodb 显然无法处理。

我能想出的唯一解决方案是删除有问题的引用： loess_boot$statistic <- NULL

反正可能不需要那部分，但我想应该可以用 refhook 参数做一些更聪明的事情来序列化。

我仍然想知道为什么 mongodb 无法处理写入对象。大小限制应该是多少？

【讨论】：

为了进一步解释和提示解决方案，我将在这里复制帮助中的内容：GridFS 是一种用于存储和检索超过 BSON 文档大小限制 16MB 的文件的规范。 rmongodb 中有几个命令可用于 gridFS。
GridFS 是一种用于存储和检索超过 BSON 文档大小限制 16MB 的文件的规范。 rmongodb 中有几个命令可用于 gridFS。

【解决方案2】：

看起来很奇怪。我认为由于闪亮的反应式编程，mongo db 连接存在问题。

在执行命令之前，您是否测试了工作连接？

  if (!mongo.is.connected(mongo)) {
   ...
  }

【讨论】：

很抱歉之前没有回来。我暂时不检查。但正如我所说，如果我不包含“大”序列化对象，它会起作用。所以不可能真的是这样，因为无论如何都会在写任何东西之前进行检查。
情节变厚...如果我替换：success mongo.remove(mongo, ns_sysmodels, criteria = criteria) success <- mongo.insert(mongo, ns_sysmodels, buf) 它在没有记录时有效.但如果我再次运行它会失败。 mongo.remove 成功。但不是插入。那么它现在每隔一段时间就会起作用，因为mongo.remove 总是删除记录。
我想我找到了问题所在。 object.size(loess_boot) 返回大约 700Kb，其中 loess_boot 是我要编写的对象（序列化）。如果我做temp = serialize(loess_boot, connection = NULL, ascii = FALSE)，那么object.size(temp) 在我手动运行时大致相同。但是当使用闪亮时，如果重新运行，它将大约为 15000Kb 或 30000Kb；到那时它将失败。所以序列化的对象是不一致的。更深层次的原因似乎是loess_boot 包含一个环境函数。如果我只删除那部分，则序列化对象的大小保持不变，约为 700Kb。
顺便说一句。 loess_boot 是引导包中引导函数的输出。关于如何处理这个问题的任何想法？
似乎 boot 将整个调用环境保存在对象中。因此，这就是称为闪亮和称为“正常”时尺寸差异的原因。在您序列化之前，这不会产生不良影响，但是据我所知，您还可以序列化环境中的所有对象。知道该怎么做吗？我不能简单地清除环境，因为那会清除闪亮的环境。