DataFrame 使用 scala 在火花中轻风 DenseMatrix

Question

我正在尝试使用 scala 将数据帧转换为微风密集矩阵。我找不到任何内置函数来执行此操作，所以这就是我正在做的事情。

import scala.util.Random
import breeze.linalg.DenseMatrix

val featuresDF = (1 to 10)
    .map(_ => (
      Random.nextDouble,Random.nextDouble,Random.nextDouble))
    .toDF("F1", "F2", "F3")

var FeatureArray: Array[Array[Double]] = Array.empty
val features = featuresDF.columns

for(i <- features.indices){
    FeatureArray = FeatureArray :+ featuresDF.select(features(i)).collect.map(_(0).toString).map(_.toDouble)
}

val desnseMat = DenseMatrix(FeatureArray: _*).t

这确实很好，我得到了我想要的。但是，这会在我的环境中导致 OOM 异常。有没有更好的方法来进行这种转换。我的最终目标是使用密集矩阵计算特征的特征值和特征向量。

import breeze.stats.covmat
import breeze.linalg.eig

val covariance = covmat(desnseMat)
val eigen = eig(covariance)

因此，如果有一种直接的方法可以从数据框中获取特征值和特征向量，那就更好了。 spark ml 中的 PCA 必须使用 features 列进行此计算。有没有办法通过 PCA 访问特征值？

Answer 1

首先，尝试增加你的内存。

其次，使用 Spark 中的 DenseMatrix 尝试这些功能之一。 这两个函数在我的计算机上使用相同数量的 RAM。

我获得了 1.34 秒来解析 DataFrame 中的 201238 行，其中 1 列每列包含多个 Double 值：

import org.apache.spark.mllib.linalg.DenseMatrix
import org.apache.spark.ml.linalg.DenseVector
import org.apache.spark.sql.DataFrame

def getDenseMatrixFromDF(featuresDF:DataFrame):DenseMatrix = {
    val featuresTrain = featuresDF.columns
    val rows = featuresDF.count().toInt

    val newFeatureArray:Array[Double] = featuresTrain
       .indices
       .flatMap(i => featuresDF
       .select(featuresTrain(i))
       .collect())
       .map(r => r.toSeq.toArray).toArray.flatten.flatMap(_.asInstanceOf[org.apache.spark.ml.linalg.DenseVector].values)

    val newCols = newFeatureArray.length / rows
    val denseMat:DenseMatrix = new DenseMatrix(rows, newCols, newFeatureArray, isTransposed=false)
    denseMat
}

如果我想从 DataFrame 中获取 DenseVector，其中一列仅包含一个 Double 值，那么对于相同数量的数据，我得到了 0.8 秒：

import org.apache.spark.mllib.linalg.DenseVector
import org.apache.spark.ml.linalg.DenseVector
import org.apache.spark.sql.DataFrame

def getDenseVectorFromDF(featuresDF:DataFrame):DenseVector = {
    val featuresTrain = featuresDF.columns
    val cols = featuresDF.columns.length

    cols match {
      case i if i>1 => throw new IllegalArgumentException
      case _ => {
        def addArray(acc:Array[Array[Double]],cur:Array[Double]):Array[Array[Double]] = {
          acc :+ cur
        }

        val newFeatureArray:Array[Double] = featuresTrain
          .indices
          .flatMap(i => featuresDF
          .select(featuresTrain(i))
          .collect())
          .map(r => r.toSeq.toArray.map(e => e.asInstanceOf[Double])).toArray.flatten

        val denseVec:DenseVector = new DenseVector(newFeatureArray)
        denseVec
   }
}

要计算特征值/特征向量，只需检查 this link 和 this API link

计算协方差矩阵检查this link和this API link

Answer 2

def getDenseMatrixFromDF(featuresDF:DataFrame):BDM[Double] = {
    val featuresTrain = featuresDF.columns
    val cols = featuresTrain.length
    val rows = featuresDF.count().toInt
    val denseMat: BDM[Double] = BDM.tabulate(rows,cols)((i, j)=>{
        featuresDF.collect().apply(i).getAs[Double](j)
        })
    denseMat
  }