逐行读取时大型CSV文件的索引元素

【问题标题】：Index elements of large CSV file when reading line by line逐行读取时大型CSV文件的索引元素
【发布时间】：2014-08-19 06:33:14
【问题描述】：

我正在 R 中逐行读取一个大型 CSV 文件 (>15 GB)。我正在使用

con  <- file("datafile.csv", open = "r")
while (length(oneLine <- readLines(con, n = 1, warn = FALSE)) > 0) {
    # code to be written
}

在“要编写的代码”部分，我需要能够引用每一行中的单个元素并将它们保存到一个数组中。如果这很重要，该文件没有标题。

谢谢！

【问题讨论】：

标签： r csv indexing line-by-line

【解决方案1】：

您可以使用 read.table 和参数 text 来解析 oneLine 字符串，就像它是一个 csv 文件一样：

# set your arguments: separator, decimal separator etc...
x <- read.table(text=oneLine, sep=",", dec=".", header=F)

返回的x 是一个data.frame，只有一行，您可以轻松地将其转换为数组。

【讨论】：

【解决方案2】：

你可以这样做：

CHUNK_SIZE <- 5000
con <- file('datafile.csv', 'rt')
res <- NULL
while (nrow(chunk <- read.csv(con, nrow = CHUNK_SIZE, header = FALSE, stringsAsFactors = FALSE)) > 0) {
  res <- rbind(res, chunk)
  if (nrow(chunk) < CHUNK_SIZE) break
}

【讨论】：