如果嵌入字体子集的名称相同，但这些子集的真正内容不同（包含不同的字形集），我已经看到会发生这种情况。
检查所有输入文件中使用的字体。为此使用 Poppler 的 pdffonts 实用程序：
for i in input*.pdf; do
pdffonts ${i} | tee ${i}.pdffonts.txt
done
查找每个 PDF 中使用的字体名称。
我的理论/赌注是你看到不同的输入文件使用相同的字体名称（类似于BAAAAA+ArialMT 的名称）。
用于子集字体的BAAAAA+ 字体名称前缀应该是随机（尽管官方规范对此不是很清楚）。但是，某些应用程序使用 predictable 前缀，以 BAAAAA+、CAAAAAA+ DAAAAA+ 等开头（OpenOffice.org 和 LibreOffice 因这方面而臭名昭著）。 这意味着前缀BAAAAA+ 会在每个使用了至少一种子集字体的文件中使用...
您的输入文件不使用完全相同的字符子集很容易发生。然而，使用相同的名称可能会使 Ghostscript 认为字体确实是相同的。它（错误地）“优化”合并的 PDF 并仅嵌入 2 个字体实例之一（两者具有相同的名称，例如 BAAAAA+Arial）。但是，此实例可能不包含某些字形，这些字形是其他实例的一部分。
这会导致合并输出中缺少一些字符。
我知道，较新版本的 Ghostscript 对其字体处理代码进行了大修。尝试 Ghostscript v9.06（迄今为止的最新版本）可能会让您更加幸运。
我非常有兴趣对此进行更详细的调查。如果您可以提供输入文件的示例（以及 GS v8.70 给出的合并输出），我可以测试它是否与 v9.06 一起使用更好。
你可以做些什么来避免这个问题
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尝试始终将字体作为完整集而不是子集嵌入：
- 我不知道在使用 wkhtmltopdf 时是否以及如何控制嵌入完整字体。
- 如果您从 Libre/OpenOffice 生成输入 PDF，那么您就很不走运并且无法控制它。
- 如果您使用 Acrobat 生成输入 PDF，您可以在 Distiller 设置中调整字体嵌入细节。
- 如果 Ghostscript 生成您的输入 PDF，则强制全字体嵌入的命令行参数为：
gs -o output.pdf -sDEVICE=pdfwrite -dSubsetFonts=false input.file
某些类型的字体不能完全嵌入，只能嵌入子集（TrueType、Type3、CIDFontType0、CIDFontType1、CIDFontType2）。请参阅this answer 来提问“为什么 Acrobat Distiller 不完全嵌入所有字体？”了解更多详细信息。
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仅当您确定没有其他人可以看到、打印或使用您的个人输入文件时才执行以下操作：根本不要嵌入字体——仅在与 Ghostscript 合并时嵌入您输入的最终结果 PDF。
- 我不知道在使用 wkhtmltopdf 时是否以及如何控制不嵌入字体。
- 如果您从 Libre/OpenOffice 生成输入 PDF，那么您就很不走运并且无法控制它。
- 如果您使用 Acrobat 生成输入 PDF，您可以在 Distiller 设置中调整字体嵌入细节。
- 如果 Ghostscript 生成您的输入 PDF，用于防止字体嵌入的命令行参数是：
gs -o output.pdf -sDEVICE=pdfwrite -dEmbedAllFonts=false -c "<</AlwaysEmbed [ ]>>setpagedevice" input.file
某些类型的字体不能完全嵌入，只能嵌入子集（Type3、CIDFontType1）。请参阅this answer 来提问“为什么 Acrobat Distiller 不完全嵌入所有字体？”了解更多详情。
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不要使用 Ghostscript，而是使用 pdftk 来合并 PDF。 pdftk 是一个比 Ghostscript（至少旧版本的 pdftk）更“愚蠢”的实用程序。合并 PDF，这种愚蠢可能是一个优势......
更新
再次回答，但这次更明确（遵循下面 cmets 中@sacohe 的额外问题。在许多（不是所有）情况下，以下过程将工作：
然后，即使输入 PDF 对不同字体（子集）使用相同的名称前缀，生成的输出 PDF 也应该对字体名称使用不同的（唯一的）前缀。
当我处理原始问题的作者“R 先生”提供给我的原始输入文件样本时，此过程对我有用。修复后，“跳过字符问题”在最终结果中消失了（从固定的输入文件创建的合并 PDF）。