绘图软件答案

【问题标题】：Graph drawing software绘图软件
【发布时间】：2011-07-02 18:58:26
【问题描述】：

我需要绘制一个由 1876 个簇组成的图形，按以下方式组织：

962 clusters composed by 1 node
651 clusters composed by 2 nodes
144 clusters composed by 3 nodes
52  clusters composed by  4 nodes
24  clusters composed by  5 nodes
8   clusters composed by 6 nodes
8 clusters composed by 7 nodes
2 clusters composed by 8 nodes
4 clusters composed by 9 nodes
3 clusters composed by 10 nodes
1 cluster composed by  11 nodes
1 cluster composed by  12 nodes
4 clusters composed by 13 nodes
1 cluster composed by  16 nodes
1 cluster composed by  21 nodes
1 cluster composed by  22 nodes
1 cluster composed by  24 nodes
1 cluster composed by  25 nodes
1 cluster composed by  26 nodes
1 cluster composed by  29 nodes
2 clusters composed by 31 nodes
1 cluster composed by  43 nodes
1 cluster composed by  65 nodes
1 cluster composed by  4843953 nodes

我尝试了几个软件，包括 pajek、SocNet，但它们似乎更以节点为中心（它们让您可以在节点上执行统计和一些高级操作）。相反，我不关心节点本身，我也不关心它们的连接。 我只想展示带有内部节点的此类集群。
有谁知道有什么软件可以帮到我吗？

P.S 那是livejournal的图表

【问题讨论】：

在尝试绘制它之前，您应该对这个 500 万个节点的集群做一些事情。您将很难非常找到可以绘制超过一百万个节点的软件...
你能澄清一下你说你不关心节点和连接，只关心集群是什么意思吗？是否需要绘制每个节点和边？
节点连接不清楚或根本不可见都没有关系。重要的只是集群
@Giuseppe，您的意思仍然不完全清楚。在您的情况下，集群之间是否有任何联系？那你为什么不把集群折叠成一个节点，然后可视化它们之间的连接呢？
显然集群断开了。我不会将集群折叠成单个节点，因为我想可视化内部高节点的集群比内部节点少的集群更大。我之前的意思是我不假装可视化节点的连接，也没有那么多的节点，突出集群之间的权重差异就足够了

标签： graphics graph social-networking

【解决方案1】：

原则上，Mathematica 8 应该能够使用其新的Graph 对象处理您的问题。我说，“原则上”，因为我很难想象一个由近 500 万个节点（或顶点）组成的集群在屏幕或纸上打印时的样子。选择合适的 GraphLayout 至关重要，因为来自Hu 的比较显示：

它们是同一个图形（936 个顶点）的 3 个描述，最差的渲染（当然）在左侧。这篇文章包含一个具有 225k 个顶点的图的渲染，该图具有一些可辨别的结构。

无论如何，它可以处理邻接矩阵或边列表等形式的输入。边缘可以是定向的，也可以不是。您可以显示和标记所有或部分或不显示顶点和边。您还可以删除集群（GraphComponents）并单独或组合显示它们。它还为您提供了各种 GraphLayout 选项：CircularEmbedding、SpiralEmbedding、HighDimensionalEmbedding、LargeNetwork 等。GraphStyles 有多种。

有一个名为 NeighborhoodGraph 的命令，您可能会发现它对这个庞大的集群很有用。 Neighborhood[g,v,n] 在从顶点 v 开始的 n 步内生成所有节点的子图。您还可以通过请求具有预先确定的边、顶点或两者列表的子图来简化事情。

请注意，某些 Graph 文档将引用 Combinatorica，尽管它非常出色且可用于多种用途，但在我看来，它呈现图形的精度不如版本 8 Graph 对象。

在here 中讨论了有关大型图的图布局的一些问题。还有一个SO discussion 是关于绘制比较各种软件解决方案的大图。

【讨论】：

在纸上打印 500 万个节点的图形很容易：只需拿一把刷子，将整个页面涂成黑色......
是的，没有人可以声称您错过了任何节点！
@David 我没有很好的经验尝试将 Mathematica 用于非常大的图形，尤其是可视化。达到一定大小时它很棒，但在那之后它变得非常慢。此外，当使用 Mathematica 8 可视化非常大的图形时，最慢的部分可能不是计算布局，而是实际将其渲染到屏幕上。
@Szabolcs。谢谢你的笔记。我只在 MMA 中处理过小（nVertices
@David 不过，我们在 8 中已经拥有的功能非常有用，即使还有一些问题……我非常期待下一个版本的改进！

【解决方案2】：

试试 AT&T 的graphviz。

【讨论】：

不合适，我需要的是一个聚类图。绘制大小与它们进入的节点数量相关的集群就足够了。我需要一个自动程序来做到这一点。

【解决方案3】：

我认为你的问题不会得到合理的答案，但我想在这里提供我的 2 美分：

查看示例如何绘制图表，然后重新表述您的问题。
应该如何可视化一个集群？大多数集群都很容易可视化，但是具有 4.843.953 个节点的集群是一个杀手。我怀疑将这个集群与其他集群一起可视化是不合适的......
到目前为止我所看到的最好的是Software from TowSawyer 用于可视化图表。但是该软件的价格很高，也许它可以帮助您清楚地了解如何进行可视化。

当您找到上述评论的答案和详细信息时，我认为会有一种方法将它们相应地可视化。

【讨论】：

谢谢 milebelt，您的回答很好地反映了我的问题。事实上，时间帮助我理解这样的图表是不可绘制的，如果我想这样做，我必须以某种方式重新表述问题。最后，我决定报告我在我的问题上显示的输出（有由 bla bla bla 组成的 x 集群）而不是那个图形图（原谅双关语）。

【解决方案4】：

Tulip，作为每个主要 Linux 发行版的软件包（但显然也可用于 Windows）据说是 “能够在相对适中的硬件（例如. 600MHz Pentium III, 256MB RAM)".

这听起来就像你想要的。

【讨论】：

它仍然不符合我的需求。我放弃了，不可能画出那样的图表。我还有另一个问题是如何在 A4 纸上表示这样的图表。即使我只专注于忽略节点连接的集群，也太过分了。