如何在 Python（不使用 MedPy）或 C 中将 *.mha 文件转换为 *.nii 文件？答案

【问题标题】：How to convert *.mha file to *.nii file in Python (without using MedPy) or C?如何在 Python（不使用 MedPy）或 C 中将 *.mha 文件转换为 *.nii 文件？
【发布时间】：2015-04-20 03:21:39
【问题描述】：

我想处理Python 中的*.mha 文件。但它需要依赖于ITK 包的MedPy 包。我目前在安装 ITK 包时遇到问题。我在想是否有办法将*.mha 文件转换为*.nii 文件（使用其他方式，可能是C++），因为然后我可以使用Python 来读取*.nii 文件。欢迎任何相关的指针。

【问题讨论】：

我目前在安装 ITK 包时遇到问题。也许你应该提供详细信息。

标签： python c++ image-processing

【解决方案1】：

您可以在 Python 中安装 SimpleITK 并使用它进行转换。例如，

import SimpleITK as sitk

root_path = '/path/to/image'
nii_path = root_path + '/data.nii'
mha_path = root_path + '/data.mha'

img = sitk.ReadImage(nii_path)
sitk.WriteImage(img, mha_path)

【讨论】：

【解决方案2】：

解决此问题的另一种方法是安装 sci-kit 映像和 simpleitk。

这不需要从源代码构建或包装 ITK，并允许读取 MHA 文件并写入 NIFTI 格式。

pip install scikit-image 
pip install SimpleITK or easy_install -U SimpleITK

安装了这些，如果你运行下面的代码，这应该可以工作

import skimage.io as io

path = 'C:/test.mha' #path to your MHA file
outpath = 'C:/test.nii'

img = io.imread(path,plugin='simpleitk')
io.imsave('outpath',img,plugin='simpleitk')

【讨论】：

【解决方案3】：

为了得到这个问题的答案，我浪费了 24 小时，但最后，我可以说从 .mha 转换为 .nii 文件非常简单 1.首先你必须在conda或者你使用的环境中安装SimpleITK包

之后，只需按照以下步骤转换任何文件。

import SimpleITK as sitk
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import os

OUTPUT_DIR = 'Output'

# Image = sitk.ReadImage('lena1.png')
Image = sitk.ReadImage('Flair.mha')
print(Image.GetPixelIDTypeAsString())
sitk.WriteImage(Image, os.path.join(OUTPUT_DIR, 'Flair.nii'))
# sitk.WriteImage(Image, os.path.join(OUTPUT_DIR, 'SimpleITK.bmp'))
# plt.imshow(sitk.GetArrayViewFromImage(Image))
# plt.axis('off')
# plt.show()

按照这些步骤，我想你们会得到所需的输出。

【讨论】：