skbio 模块的 ImportError

Question

我正在运行 Python 3 并安装了 skbio v0.5.5。按照this tutorial 中的示例，我正在尝试为某些 skbio 类运行导入语句，但出现错误。例如，

from skbio.alignment import Alignment

结果

ImportError: 无法从“skbio.alignment”导入名称“Alignment”

还有，

from skbio import BiologicalSequence

结果

ImportError: 无法从“BiologicalSequence”导入名称“Alignment”

我该如何解决这个问题？

Answer 1

Alignment 类来自旧版本的 skbio 库，特别是 0.3 之前的版本。

如果您想使用这些类，则需要安装该版本之前的 scikit-bio，方法如下：

pip install scikit-bio==0.2

如果您只是阅读应用生物信息学简介这本书，就像您在评论中提到的那样，最好是use the latest version of the book instead，它将使用最新版本的 scikit-bio 库。