如何在 Python 指针中有效地迭代数组？

Question

我是 Python 的新手，我想迭代一个数组以根据前面的元素计算下一个元素。我可以用 C++ 的方式来思考这个问题，但是如何在 Python 中使用 Numpy 或 Pandas 来实现这一点？我知道类似的方法是使用移位，但这种方法似乎效率不高。

以下是一个简单的斐波那契示例：

int arr[10];
arr[0] = 1;
arr[1] = 1;

int* pt = &arr[2];         <--get a iterator like a moving pointer
int count = 8;
while (count > 0)
{
    *pt = pt[-1] + pt[-2]; <--access previous k element based on current index
    count--;
    pt++;                  <--point to next element
}
for (int i = 0; i < 10; i++)
    cout << arr[i] << endl;

列表：

L = [1, 1]
while len(L) != 10:
    L.append(L[-1] + L[-2]) <--But I have to append element every time
print L

Answer 1

直接numpy模仿你的C++是

arr=np.ones((10,))
for i in range(2,arr.shape[0]):
     arr[i]=arr[i-1]+arr[i-2]

制作：

array([  1.,   1.,   2.,   3.,   5.,   8.,  13.,  21.,  34.,  55.])

这在numpy 中可能不是最有效的方法，但这是讨论的开始。

大多数快速numpy 操作使用编译的c 代码，并且结果是缓冲的，因此执行快速顺序操作很棘手。最好考虑一下 numpy 操作同时在数组的所有项上并行执行（不考虑任何顺序）。例外是 ufunc cumsum 和 cumprod - 累积进程，以及称为 at 的无缓冲 ufunc。我必须四处看看是否有办法使用这些工具之一来计算这个系列。

另一种选择是在 C 或 C++ 中实现计算并将其链接。 cython 是最方便的工具。

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http://wiki.scipy.org/Cookbook/Ctypes#head-6a582bd7b101bca0df6e5631a06e2d1d76e35a95 是使用ctypes 和c 代码与numpy 计算斐波那契的示例。

http://numpy-discussion.10968.n7.nabble.com/vectorizing-recursive-sequences-td35532.html 描述了一种计算这个系列的更巧妙的方法。这取决于 ufunc 采用 out 数组。作者承认这也取决于实现细节，尤其是计算没有缓冲。

arr=np.ones((10,))
np.add(arr[:-2], arr[1:-1], out=arr[2:])

第一个 2 个参数的元素逐个元素添加，并存储在 out 数组中。

arr[2:] = arr[:-2]+arr[1:-1]

由于缓冲而无法工作

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http://docs.cython.org/src/tutorial/cython_tutorial.html#fibonacci-fun

是斐波那契的 Cython 示例。它应该很快，但它只是打印结果，而不是将它们累积在一个数组中。不过，将结果存储在 cython 数组或 memoryview 中的 Cython/c 版本应该不难。

这是一个cython 脚本，可以保存为pyx，编译和导入。它可以改进为有用性和速度，但足以测试这个概念：

import numpy as np
narr = np.ones((10,), dtype=np.dtype("i"))
cdef int [:] narr_view = narr

cpdef void fib(int[:] arr):
    I = arr.shape[0]
    for i in range(2,I):
        arr[i] = arr[i-2]+arr[i-1]
fib(narr_view)
print 'fib arr:', narr