使用 nextflow 创建奇点容器答案

【问题标题】：Creating singularity container with nextflow使用 nextflow 创建奇点容器
【发布时间】：2019-10-03 16:13:11
【问题描述】：

我正在尝试构建一个安装了 nextflow 的奇异容器。完成构建后，我将其安装在目录中，并将其安装为 ROOT。当我尝试运行容器时，它失败了，因为我不是 root。我查看了最佳实践，其中包含以下内容：

始终将包、程序、数据和文件安装到操作系统位置（例如，不是 /home、/tmp 或任何其他可能经常绑定的目录）。

我的 def 文件：

BootStrap: yum
OSVersion: 7
MirrorURL: http://mirror.centos.org/centos-%{OSVERSION}/%{OSVERSION}/os/$basearch/
Include: yum

%post
    yum -y install java-1.8.0-openjdk-headless
    yum -y install wget
    yum -y install which

    mkdir /s2fast
    cd /s2fast
    wget -qO- https://get.nextflow.io | bash

%runscript
    exec /s2fast/nextflow

运行它让我“权限被拒绝” 我正在运行奇点 3.4.0-1

不确定我是否应该考虑使用绑定路径、叠加层或其他方式？

【问题讨论】：

标签： scientific-computing singularity-container nextflow

【解决方案1】：

如果您的容器只需要Nextflow，我可以建议使用quay.io 的Nextflow 生物容器吗？

singularity pull docker://quay.io/biocontainers/nextflow:19.07.0--hecc5488_0

如果您需要与 Nextflow 一起安装其他应用程序，通常会将这些应用程序安装到 /usr/local/bin。但是像您正在做的那样使用自定义目录路径并没有错。在任何情况下，您都需要确保这些应用程序具有必要的权限。只需将chmod 755 /s2fast/nextflow 添加到您的%post 部分即可。同时删除您的 %runscript 部分。除非您需要处理命令行参数，否则通常不需要它。

【讨论】：

好吧，看起来我做了一些 PBKAC 的变体，因为 chmod 似乎工作。我之前使用过 chmod，但它似乎从未正常工作。另外，我需要安装很多生物软件，所以我需要自己扮演角色。但是感谢您的提醒。