我在 Burrows-Wheeler 逆向转换中的逻辑有什么问题？答案

【问题标题】：What is wrong with my logic in Burrows-Wheeler reverse transformation?我在 Burrows-Wheeler 逆向转换中的逻辑有什么问题？
【发布时间】：2016-08-03 19:23:16
【问题描述】：

我正在研究 Burrows-Wheeler 转换，到目前为止，我可以从一些 Text 中得到它。现在是反向过程的时候了，这就是我遇到的麻烦。

这是输入：TTCCTAACG$A。

这是我的想法：

1) 计算输入中As、Cs、Gs、Ts的个数：A: 3, C: 3, G: 1, T: 3

2) 让我们写下 Burrows-Wheeler 变换的第一列和最后一列。最后一列是我们的输入。所以这里是：

      F    L

[0]   $    T
[1]   A    T
[2]   A    C
[3]   A    C
[4]   C    T
[5]   C    A
[6]   C    A
[7]   G    C
[8]   T    G
[9]   T    $
[10]  T    A

这是我的逻辑：

最初，输出 = '$'
L[0] = 'T' => 输出 = 'T$'
F 中的第一个 T 的索引为 8 => 我们需要 L[8] => 输出 = 'GT$'
F 中的第一个 G 的索引为 7 => 我们需要 L[7] => 输出 = 'CGT$'
F 中的第一个 C 的索引为 4 => 我们需要 L[4] => 输出 = 'TCGT$'
这是我们的第二个 T。F 中的第二个 T 的索引为 9，但 L[9] = '$'，因此
我们应该停下来。

显然，事情还没有结束，这里出了点问题。你能解释一下吗？

【问题讨论】：

标签： burrows-wheeler-transform

【解决方案1】：

我对这种方法的理解过于简单。在第 4 步中，由于 C 是第三个 C，我们需要 F[6]。

【讨论】：

【解决方案2】：

最后一列看起来不对 - 它应该是符号前面的第一列。您也不要使用 BWT 的特殊符号。这样一来，之前的规则就被打破了，你会扰乱你的 lf 映射。

【讨论】：