Python - 使用 os.subprocess 调用带有嵌套命令的 shell 脚本 [关闭]

Question

我正在使用 python 运行顶级遗传算法，以使用 OpenFOAM 优化 3D 飞机机翼几何形状以获得空气动力学性能。我正在运行 Ubuntu 16.04、Python 3.6 和 OpenFOAM 5。我编写了几个位于 OpenFOAM 案例目录（包含几何 STL 文件、流体动力学参数和网格的目录）中的 shell 脚本。这些脚本执行重复的文件管理命令和 OpenFOAM 并行过程分解程序，以及生成 3D 网格和运行模拟的命令。 python 脚本应该完全位于不同的目录中，因为这些案例文件夹中的数百个（如果不是数千个）将作为遗传算法的后代生成。问题是使用 os.subprocess 调用这些 shell 脚本似乎会为脚本中的每个命令生成并终止一个 shell。例如，如果我的代码是（简要版）：

#!/bin/bash
rm constant/polyMesh/*
rm constant/triSurface/*.eMesh
rm -rf 0.*
find -type d -name '*e-0*' -exec rm -r {} +
decomposePar (OpenFOAM utility)

我将所说的脚本称为：

subprocess.Popen(['./shellScript'],cwd=r'./pathToDirectory')

我最终得到了错误：

./shellScript: line #: decomposePar no such file or directory

如果 shell 试图在 case 目录以外的目录中执行 decomposePar，我可以看到这种情况发生的唯一方法（它应该顺利运行）。对于案例管理命令，似乎只有第一个命令有效。我已经抓取了堆栈溢出来解决这个问题，但我不确定我是否找到了一个。我尝试使用os.chdir('casePath') 设置python 脚本的工作目录，设置cwd='casePath'，以及其他几个我不太明白的subprocess 参数！

我知道我可以将每个 shell 命令转录成 Python，但我发现由于 shell 命令的数量以及将来可能更改这些 shell 脚本，这将非常乏味。我希望我的方法是模块化的并且足够健壮，可以只运行几个我可以根据需要修改的脚本。此外，最终该程序将部署到超级计算机上。并行处理将发生在 OpenFOAM 中的 C++ 级别，而不是 python，所以这不是我关心的问题之一。有什么办法可以做到这一点，我是否错过了一些非常明显的东西？请耐心等待，因为计算机科学不是我的强项，我是一名航空工程师。谢谢！

Answer 1

TL;DR：在 shell 脚本开始时从 OpenFOAM 安装中获取bashrc。

在对 OP 进行一些挖掘之后，问题最初是包含 decomposePar 的目录不在 PATH 环境变量中。

除非你的 PATH 中有.（这很危险，不要这样做），将当前目录更改为目录不会对找到decomposePar 产生任何影响。在 shell 脚本中添加到 decomposePar 的完整路径允许运行 decomposePar。

例子：

#!/bin/bash
rm constant/polyMesh/*
rm constant/triSurface/*.eMesh
rm -rf 0.*
find -type d -name '*e-0*' -exec rm -r {} +
/full/path/to/decomposePar

但是，在运行时，它无法加载所需的共享库，因为 OpenFOAM 共享库目录不在 LD_LIBRARY_PATH 环境变量中。为了解决这个问题，OpenFOAM bashrc 文件位于脚本的开头。

例子：

#!/bin/bash
source /path/to/bashrc
rm constant/polyMesh/*
...

对该文件进行排序可以正确设置PATH 和LD_LIBRARY_PATH 环境变量。