“make”错误：设置编译路径

Question

我在编译netCDF库（并行版）时遇到了问题。

特别是问题与我猜的不同路径有关。 问题是我不是机器管理员。但是，管理员自己已经在自己的目录（此处：/root/treiber）中安装了旧版本。

我想在 /home/stephcar/bin 中安装自己的本地版本。

因此，我规定了具有不同编译器标志的目录：

CPPFLAGS=-I/home/stephcar/bin/include LDFLAGS=-L/home/stephcar/bin/lib LIBS='-L/home stephcar/bin/lib  -lnetcdf -L/home/stephcar/bin/lib -lhdf5_hl -lhdf5 -lz -lm -L/home/stephcar/bin/lib -lsz' CC=/home/stephcar/bin/bin/mpicc FC=/home/stephcar/bin/bin/mpif90  ./configure --enable-pnetcdf --prefix=/home/stephcar/bin/

此外：我还将我的 --prefix-path (/home/stephcar/bin/) 也放在 $PATH 和 $LD_LIBRARY_PATH 的第一个位置。

但是，由于某种原因，我无法弄清楚，搜索的是根目录 (/root/treiber) 而不是我的...这是来自“make”的错误：

/bin/sh ../libtool  --tag=CC   --mode=link /home/stephcar/bin/bin/mpicc  -g -O2  -L/home/stephcar/bin/lib -o liboc.la  
liboc_la-oc.lo liboc_la-daplex.lo liboc_la-dapparse.lo liboc_la-daptab.lo liboc_la- occlientparams.lo liboc_la-occompile.lo 
liboc_la-occurlfunctions.lo liboc_la-ocdata.lo liboc_la-ocdebug.lo liboc_la-ocdump.lo liboc_la-ocinternal.lo liboc_la-ocnode.lo
liboc_la-ochttp.lo liboc_la-ocrc.lo liboc_la-ocread.lo liboc_la-ocutil.lo liboc_la-ocbytes.lo liboc_la-oclist.lo liboc_la-ocuri.lo
liboc_la-oclog.lo liboc_la-xxdr.lo   -lpnetcdf -lm -L/home/stephcar/bin/lib  -lnetcdf  -L/home/stephcar/bin/lib -lhdf5_hl -lhdf5 
-lz -lm -L/home/stephcar/bin/lib -lsz

/usr/bin/grep: /root/treiber/hdf5-1.8.8/hdf5/lib/libhdf5_hl.la: Permission denied
/usr/bin/sed: can't read /root/treiber/hdf5-1.8.8/hdf5/lib/libhdf5_hl.la: Permission denied
libtool: link: `/root/treiber/hdf5-1.8.8/hdf5/lib/libhdf5_hl.la' is not a valid libtool archive
make[2]: *** [liboc.la] Fehler 1

你有什么想法吗？我是否设置错误的标志？ 或者是否有另一个我没有看过的默认路径。 如何在模式后的默认路径中搜索（此处：/root/treiber）？也许我可以在这里得到一个提示！

谢谢斯蒂芬

编辑 澄清一下：netCDF 需要另一个库 hdf5，我已成功编译并安装到 ~/bin/lib 中。因此，丢失的 libhdf5_hl.la 也存储在那里。 实际问题是我的配置环境没有找到这个目录。相反，它会尝试使用 /root/ 中的那个。

Answer 1

首先，您通常不希望将bin 目录用作您的prefix。在 UNIX 中，bin 目录包含您运行的二进制文件：mkdir、ls、gcc 等命令。您不希望它包含bin/bin、bin/lib 等子目录。会工作，但它不是标准的。你应该使用--prefix=/home/stephcar，它将把东西放入/home/stephcar/bin、/home/stephcar/lib等。或者更好的是，为这个包创建一个子目录并使用它：--prefix=/home/stephcar/netcdf或其他东西。

其次，我认为您的示例行中的这是一个错字：

LIBS='-L/home stephcar/bin/lib ...

（注意空格）你真的用过：

LIBS='-L/home/stephcar/bin/lib ...

第三，通常首选在configure 命令行而不是在其环境中设置这些变量；也就是说，将它们放在之后 configure 命令而不是之前：

./configure --enable-pnetcdf --prefix=/home/stephcar/bin CPPFLAGS=-I/home/stephcar/bin/include LDFLAGS=-L...

除此之外，此错误意味着您的构建正在 /root/treiber 子目录中找到 libhdf5_hl 库，该库不可读。我怀疑这个系统上的管理员做错了什么，并试图在一个地方构建这个库，然后以一种无效的方式将它复制到另一个地方。您还需要重建这个 HDF5 包，看起来像这样。