填充 3d 图像的孔

Question

我想使用形态运算符来填充 3d 图像的孔。 3d 图像由 116 个相同大小（512*512 像素）的 2-D 图像切片组成。我尝试在 Matlab 中使用 imfill 处理 3d 图像，但结果不是我想要的。小洞填满，其他洞不填

当我尝试逐片使用 imfill 时，结果是正确的。有什么方法可以填充 3d 图像中的孔吗？我怎样才能做到这一点？

Answer 1

逐片使用imfill 的for 循环有什么问题？你说这已经有效了。

或者，这里有一个来自文件交换的选项：Region Growing - 一种用于具有多边形和二进制掩码输出的 2D/3D 灰度图像的递归区域增长算法。

Answer 2

我最近写了https://github.com/seung-lab/fill_voids，它将迅速填补拓扑漏洞。

或者，还有 SciPy https://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/generated/scipy.ndimage.binary_fill_holes.html