【发布时间】：2015-05-19 15:59:27
【问题描述】：
我希望我重新措辞的问题现在符合 Stackoverflow 的标准。请考虑以下示例。我正在编写一个对数似然函数，其中通过向量计算 cdf 是最耗时的部分。示例 1 使用 R::pnorm，示例 2 使用 erfc 逼近普通 cdf。如您所见，结果非常相似，ercf 版本要快一些。
在实践中（在 MLE 中），但事实证明 ercf 并不精确，这会使算法运行到 inf 区域，除非准确设置约束。我的问题：
1) 我错过了什么吗？是否有必要实现一些错误处理（对于 erfc）？
2) 您有其他加快代码速度的建议或替代方案吗？考虑并行化 for 循环是否值得？
require(Rcpp)
require(RcppArmadillo)
require(microbenchmark)
#Example 1 : standard R::pnorm
src1 <- '
NumericVector ppnorm(const arma::vec& x,const arma::vec& mu,const arma::vec& sigma, int lt, int lg) {
int n = x.size();
arma::vec res(n);
for (int i=0; i<n; i++) {
res(i) = R::pnorm(x(i),mu(i),sigma(i),lt,lg);
}
return wrap(res);
}
'
#Example 2: approximation with ercf
src2 <- '
NumericVector ppnorm(const arma::vec& x,const arma::vec& mu,const arma::vec& sigma, int lt, int lg) {
int n = x.size();
arma::vec res(n);
for (int i=0; i<n; i++) {
res(i) = 0.5 * erfc(-(x(i) - mu(i))/sigma(i) * M_SQRT1_2);
}
if (lt==0 & lg==0) {
return wrap(1 - res);
}
if (lt==1 & lg==0) {
return wrap(res);
}
if (lt==0 & lg==1) {
return wrap(log(1 - res));
}
if (lt==1 & lg==1) {
return wrap(log(res));
}
}
'
#some random numbers
xex = rnorm(100,5,4)
muex = rnorm(100,3,1)
siex = rnorm(100,0.8,0.3)
#compile c++ functions
func1 = cppFunction(depends = "RcppArmadillo",code=src1) #R::pnorm
func2 = cppFunction(depends = "RcppArmadillo",code=src2) #ercf
#run with exemplaric data
res1 = func1(xex,muex,siex,1,0)
res2 = func2(xex,muex,siex,1,0)
# sum of squared errors
sum((res1 - res2)^2,na.rm=T)
# 6.474419e-32 ... very small
#benchmarking
microbenchmark(func1(xex,muex,siex,1,0),func2(xex,muex,siex,1,0),times=10000)
#Unit: microseconds
#expr min lq mean median uq max neval
#func1(xex, muex, siex, 1, 0) 11.225 11.9725 13.72518 12.460 13.617 103.654 10000
#func2(xex, muex, siex, 1, 0) 8.360 9.1410 10.62114 9.669 10.769 205.784 10000
#my machine: Ubuntu 14.04 LTS, i7 2640M 2.8 Ghz x 4, 8GB memory, RRO 3.2.0 based on version R 3.2.0
【问题讨论】：
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如果你阅读了这篇文章，你为什么将犰狳函数应用于 Rcpp 类型？此外，您的示例既不完整也不可重复——而我们在 Rcpp Gallery 的文档既不完整也不可重复。我会从那里开始并进行相应的修改。
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我们经常使用术语最小可重现示例。您的 codedump 既不是最小的，也不是（由于缺少输入数据）可重现的。
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所以我完全重写了我的问题，现在，没有任何评论，它被搁置了吗？我猜之前投票删除它的人甚至没有审查新版本。
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多个 cmet 教我如何提出我的问题，但没有对问题本身发表任何评论。伤心。